臺灣博碩士論文加值系統

人類基因體定序計劃完成之後，引發新一波的研究熱潮是蛋白質三維立體結構相關研究，其最主要原因是蛋白質三度立體空間的結構決定了新藥開發的關鍵，且目前不僅學術機構對蛋白質立體結構研究深感興趣，就連私人企業和政府亦想致力於這方面之研究，美國之國家衛生研究院即投入1.25億美元期在十年內標定出一萬個蛋白質的立體結構，並且這些蛋白質都是經過特別挑選，在蛋白質結構中常見的loop、sheet及helix結構分類成一千種不同種類的蛋白質，其目的為能從此蛋白質資料庫中用來預測陸續被基因序列中潛藏的蛋白質構造。
本研究論文磷酸丙糖異構蛋白資料庫 (TBPD：TIM Barrel Protein Database) 係探討磷酸丙糖異構蛋白結構 (Structure)、功能性區域 (Domain)、功能 (Function) 之研究成果，資料來源綜合於結構分類資料庫SCOP、CATH、InterPro及酵素資料庫 Brenda，使之能夠從結構資訊和實驗依據角度，探討磷酸丙糖異構蛋白酵素。
磷酸丙糖異構蛋白資料庫採用SCOP資料庫分類模式，依SCOP前兩大分類群組Super Family、Family描述了磷酸丙糖異構蛋白的演化間距關係 (Evolution)，而第三大類組Fold則敘述了Superfamily間的蛋白質在相同拓撲關係(topological connections)的排列上具有同樣的主要二級結構。
SCOP Astral Sequence Library同源序列庫可取得同源性的功能性區域序列，應用於研究domain combination與enzyme function之間的關係，對於enzyme function是由特定domain combination所構成之現象，提供了一良好的實驗依據。
磷酸丙糖異構蛋白資料庫針對SCOP分類，整理出的磷酸丙糖異構蛋白資料提供下載，網址為http://140.114.88.98/。

摘要 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。I

目錄。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。III

1.序言。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。1

2.相關背景及研究。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。3

2.1 磷酸丙糖異構蛋白酵素。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。3

2.2 酵素及命名法。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。4

2.3 SCOP蛋白質結構分類資料庫。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 5

2.4 CATH蛋白質結構分類資料庫。。。。。。。。。。。。。。。。。。。6

2.5 功能性區域整合資料庫(InterPro)。。。。。。。。。。。。。。。。。 7

2.6 酵素資料庫(Brenda)。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。7

2.7 整合蛋白資料庫(Uniprot) 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 8

3.方法。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。9

3.1 資料蒐集。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。9

3.2 資料庫建置。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。13

3.3 WEBService建置 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。14

4.實驗結果與討論。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。17

5.結論與未來工作。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。18

參考文獻。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。19

附錄。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。20

1. D. Lang, R. Thoma, M. Henn-Sax, R. Sterner, M. Wilmanns, Science 289, 1546 (2000).
2. D. Reardon and G. K. Farber, FASEB J. 9, 497 (1995).
3. R. Fani, P. Lio, I. Chiarelli, M. Bazzicalupo, J. Mol. Evol. 38, 489 (1994) .
4. R. Thoma, M. Schwander, W. Liebl, K. Kirschner, R. Sterner, Extremophiles 2, 379 (1998).
5. Carl Branden and John Tooze. 1999. Introduction to Protein Structure 2nd ed. Garland Publishing: New York, NY. pp 47-50.
6. Nagano N, Orengo CA, Thornton JM. (2002) Aug 30. One fold with many 32 functions: the evolutionary relationships between TIM barrel families based on their sequences, structures and functions. J Mol Biol. 321(5):741-65.