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《勝鬘經講記》,上編三(妙雲集3),1951年講,1952年初版。
《藥師經講記》,上編四(妙雲集4),1954年講,1955年初版。
《中觀論頌講記》,上編五(妙雲集5),1942年講,1952年初版。
《攝大乘論講記》,上編六(妙雲集6),1941年講,1946年初版。
《大乘起信論講記》,上編七(妙雲集7),1950年講,1951年初版。
《佛法概論》,中編一(妙雲集8),1949年初版(香港)。
《中觀今論》中編二(妙雲集9),1947年講,1950年初版。
《唯識學探源》,中編三(妙雲集10),1940年完稿,1944年初版。為導師第一部完成之著作。
《性空學探源》,中編四(妙雲集11),1944年講,1950年初版(香港)。
《成佛之道》,中編五(妙雲集12),1959脫稿,1960年初版。
《太虛大師年譜》,中編六(妙雲集13),1950年初版。
《佛在人間》,下編一(妙雲集14),1971年初版。
《學佛三要》,下編二(妙雲集15),
《以佛法研究佛法》,下編三(妙雲集16),1972年初版。
《淨土與禪》,下編四(妙雲集17),1970年初版。
《青年的佛教》,下編五(妙雲集18),1973年初版。
《我之宗教觀》,下編六(妙雲集19),1972年初版。
《無諍之辯》,下編七(妙雲集20),1972年初版。
《教制教典與教學》,下編八(妙雲集21),1972年初版。
《佛教史地考論》,下編九(妙雲集22),1973年初版。
《華雨香雲》,下編十(妙雲集23),1973年初版。
《佛法是救世之光》,下編十一(妙雲集24),1973年初版。
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(1998),《華雨集》(共五冊),初版3刷,1993年初版。
(2000),《空之探究》,新竹縣:正聞出版社,十版,1985年初版。
(2002),《原始佛教聖典之集成》,修訂六刷,1971年初版。
(2002),《說一切有部為主的論書與論師之研究》,初版十刷,1968年初版。
(2003),《中國禪宗史》,十五刷,1971年初版。
(2003),《初期大乘佛教之起源與開展》,初版十刷,1981年初版。
(2003),《如來藏之研究》,七刷,1981年初版。
(2004),《印度之佛教》,新竹縣:正聞出版社,重版6刷,1942年完稿,1943年初版,為導師第一部出版發行之著作。
(2004),《永光集》,新竹縣:正聞出版社,初版一刷。
(2004),《人間佛教論集》,新竹縣:正聞出版社,初版。
(2005),《法海微波》,再版一刷,1987年初版。
(2005),《印度佛教思想史》,新竹縣:正聞出版社,修訂版,1998年初版。
(2005),《平凡的一生(重訂本) 》,1971初寫,共26章,編入《華雨香雲》,下編十(妙雲集23,1973年初版)。1993增寫6章,翌年增訂本初版。1998年增寫3章,成為重訂本,囑身後再出版。
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維基百科(中文),http://zh.wikipedia.org/wiki/。