臺灣博碩士論文加值系統

臺灣土雞產業目標為土雞種原遺傳穩定並滿足市場需求經濟性狀，對應策略涵蓋種系遺傳組分型(Genotyping)與計量性狀基因座(Quantitative Trait Loci, QTL)分析等。種系遺傳組分型利用微衛星(Microsatellite)分子標誌，依個體間與種系間多型性(polymorphism)推論親緣關係。臺灣土雞種原特性育種依賴計量性狀基因座與分子標幟輔助選拔(Marker assisted selection, MAS)技術可望達成土雞繁殖性能的改良，以聚合酶鏈反應(Polymerase Chain Reaction, PCR)分析微衛星分子標誌製作遺傳連鎖圖譜(Genetic linkage map)，依連鎖失衡分析(linkage disequilibrium analysis)定位計量性狀基因座可作為育種選拔依據。絕對長度標記MarkQoff (Marker Quarter-off)的開發使用可提高微衛星分子標記的準確度與實驗數據整合，以期配合自動化影像分析系統(Automatic Image Data Analysis, Aida)減省實驗數據分析的時間與物力。
種系遺傳組分型方面，中興大學活體保存臺灣花蓮、金門、竹崎、信義及峨眉土雞，以7組微衛星分子標誌(ADL0102、ADL0158、ADL0171、ADL0176、ADL0181、ADL0210、ADL0267)進行遺傳組分型，採用高解析度的定序電泳與絕對長度標記MarkQoff分析，NTSYS歸群結果僅火雞獨立分群(於相似度0.11處)，其餘種系間互有摻雜，此項歸群結果與AMOVA分析結果之種系內變異度(3.175)大於種系間變異度(2.641)相符。變方分析結果臺灣五品系間花蓮、竹崎及峨眉土雞具有顯著變異，僅金門(0.1199)及信義(0.0410)土雞的變異不顯著，再者，各式種系組合分析亦呈現極顯著變異(P<0.001)，並以來航雞特別顯著變異。計量性狀基因座分析方面，以中興大學高產蛋率L2系及高產肉率B系土雞，依配種計畫產生三世代雜交自交子代，階段性完成G0與G1世代之微衛星分子標誌分析，繪製歸群分析樹狀圖、二維向量平面分析圖與三維向量立體分析圖，並配合產蛋記錄完成選拔親代配種雞隻。

The genetic stability of breeds and economic traits of market demand is likely to be the task goal of the Taiwan native chicken (TNC) industry. Strategic solutions towards the task goal may include both genotyping analysis and quantitative trait loci (QTL) analysis. The genotyping analysis exploits microsatellite markers to reveal the genetic polymorphism among individuals and breeds for subsequent genetic relationship deduction. The QTL analysis with the marker assisted selection is the efficient molecular breeding technique for improving the reproductive performance of TNC breeds. The QTL markers are effective selection markers in molecular breeding system after the linkage disequilibrium analysis based on the genetic linkage mapof microsatellite markers. The DNA marker MarkQoff (Marker Quarter-off) in absolute size is developed and applied in order to enhance the data accuracy and data integration of microsatellite experiment results, which may subsequently incorporated into automatic image data analysis (Aida) software for reducing the analysis time and labor.
In genotyping aspect, the preserved TNC breeds in National Chung Hsing University, including Hwa-Liang, King-Man, Ju-Chi, Shin-I and Erh-Mei breeds, are analyzed with seven microsatellite markers of ADL0102, ADL0158, ADL017, ADL0176, ADL0181, ADL0210, and ADL0267. The high resolution polymorphism data of microsatellite is collected with DNA sequencing gel and MarkQoff absolute size marker. The clustering analysis with NTSYS software reveals that the TNC breeds are within genetically related clusters, except that turkey breed is within independent cluster at 0.11 similarity. Likewise, the results AMOVA analysis demonstrates that the intra-breed variance of 3.175 is greater than the inter-breed variance of 2.641. The analysis data of variance component significance with Hwa-Liang, Ju-Chi, and Erh-Mei breeds respectively compared with entire TNC breeds has shown the significance (P < 0.0010), whereas opposite results found in King-Man (0.1199) and Shin-I (0.0410) breeds may reflect the status of mixing. Moreover, the various breeds combination analysis has also revealed the variance component significance (P<0.001), especially with the Leghorn breed. In QTL aspect, the TNC families generated in National Chung Hsing University following the designed 3 generation mating plan are performed with selected dam and sire chickens from the L2 breed of high egg production rate and the B breed of high meat production rate. The G0 and G1 families of 83 and 115 chickens are analyzed with microsatellite markers into 1-D dendrogram, 2-D and 3-D PCA plots, with which the parental dam and sire are selected with subsequent combination of egg production record.

目錄--------------------------------------------------------i
表目錄-----------------------------------------------------iv
圖目錄-----------------------------------------------------vi
附錄-----------------------------------------------------viii
縮寫表-----------------------------------------------------ix
中文摘要----------------------------------------------------x
英文摘要---------------------------------------------------xi
第一章、文獻探討-------------------------------------------01
　　第一節、臺灣家禽產業發展歷程---------------------------02
　　第二節、臺灣土雞簡介-----------------------------------03
　　第三節、臺灣土雞的優勢與劣勢---------------------------07
　　第四節、臺灣土雞育種-----------------------------------08
　　第五節、傳統育種與分子育種-----------------------------11
　　第六節、臺灣土雞產業目標任務---------------------------13
　　第七節、章節綱要---------------------------------------14
第二章、核酸片段絕對長度標記MarkQoff-----------------------15
　　第一節、文獻探討---------------------------------------15
　　　　　一、傳統核酸長度標記-----------------------------15
　　　　　二、創新核酸長度標記-----------------------------17
　　第二節、材料與方法-------------------------------------18
　　　　　一、質體核酸製備---------------------------------18
　　　　　二、定序反應與聚合酶鏈反應-----------------------20
　　　　　三、聚丙醯胺膠體電泳-----------------------------23
　　　　　四、資料比對與判讀-------------------------------24
　　第三節、結果-------------------------------------------24
　　　　　一、LI-COR系統-----------------------------------24
　　　　　二、ABI系統--------------------------------------27
　　第四節、討論-------------------------------------------29
　　　　　一、核酸長度標記：MarkQoff-----------------------29
　　　　　二、自動影像數據分析系統：Aida-------------------30
第三章、種系遺傳組分型-------------------------------------33
　　第一節、文獻探討---------------------------------------33
　　　　　一、分子標誌種類---------------------------------33
　　　　　二、微衛星分子標誌之核酸長度多型性---------------35
　　　　　三、家禽之微衛星分子標誌運用---------------------36
　　第二節、材料與方法-------------------------------------37
　　　　　一、實驗動物族群---------------------------------37
　　　　　二、臺灣土雞之基因組核酸製備與定量---------------39
　　　　　三、微衛星擴增引子的寡核甘酸序列與合成標示-------40
　　　　　四、微衛星擴增片段的聚合酶鏈反應-----------------42
　　　　　五、微衛星擴增片段的定序膠體電泳分析-------------43
　　　　　六、微衛星多型性之分子遺傳資料庫分析系統---------43
　　第三節、結果-------------------------------------------44
　　　　　一、微衛星分子標誌長度之膠體電泳分析-------------44
　　　　　二、微衛星分子標誌多型性之數據分析：NTSYS--------47
　　　　　三、種系間與種系內變異度分析：AMOVA--------------53
　　第四節、討論-------------------------------------------57
　　　　　一、臺灣土雞種系遺傳之基因組分型分析-------------57
　　　　　二、微衛星擴增條帶大小與對偶基因數目-------------59
　　　　　三、歐盟微衛星分子標誌引子組---------------------59
第四章、計量性狀基因座-------------------------------------33
　　第一節、文獻探討---------------------------------------64
　　　　　一、分子育種之標幟輔助選拔-----------------------64
　　　　　二、家禽之計量性狀基因座運用---------------------66
　　第二節、材料與方法-------------------------------------69
　　　　　一、實驗動物族群---------------------------------69
　　　　　二、臺灣二品系土雞配種計畫-----------------------69
　　　　　三、台灣土雞之基因組核酸製備與定量---------------71
　　　　　四、微衛星擴增引子的寡核甘酸序列與合成標示-------73
　　　　　五、微衛星擴增片段的聚合酶鏈反應-----------------73
　　　　　六、微衛星擴增片段的定序膠體電泳分析-------------75
　　　　　七、微衛星多型性之分子遺傳資料庫分析系統---------75
　　　　　八、微衛星分子標幟分布---------------------------75
　　　　　九、QTL統計連鎖失衡分析--------------------------75
　　　　　十、R/qtl軟體------------------------------------75
　　第三節、結果-------------------------------------------76
　　　　　一、G0世代---------------------------------------76
　　　　　二、G1世代---------------------------------------83
　　第四節、討論-------------------------------------------88
　　　　　一、G0及G1世代之微衛星遺傳分型-------------------88
　　　　　二、Haplotyping----------------------------------88
　　　　　三、微衛星分子標誌分布---------------------------88
　　　　　四、QTL統計連鎖失衡分析--------------------------89
第五章、結論-----------------------------------------------90
　　第一節、MarkQoff與Aida結合之技術平台價值---------------90
　　第二節、種系遺傳組分型與計量性狀基因座之相互關係-------90
　　第三節、臺灣土雞產業的未來展望-------------------------91
參考文獻---------------------------------------------------92
附錄-------------------------------------------------------96

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