胡瓜嵌紋病毒(cucumber mosaic virus; CMV) 是一含單股 RNA的植物病
毒，其核酸組成包括RNA 1、2、3 和次基因體RNA 4，其中 RNA 1 和2與
病毒的複製有關，可分別轉譯1a 和 2a 蛋白，為病毒複製酵素的組成分
。本實驗以臺灣的 CMV分離株NT9 為材料，利用 cDNA選殖、序列刪減及
雙去氧核酸定序法，解讀NT9 RNA 1 5''端的 2251 個核■酸。與已解讀的
NT9 RNA 1 3'' 端序列結合，共得 RNA 1 完整的 3358個核■酸序列。
NT9 RNA 1 含一長 2979 個核■酸的開啟讀碼，其兩端5''端非轉譯和
3''端非轉譯長度各為 94、285 個核■酸、比較CMV-NT9 與 CMV-Fny、O、
Y 與 Q RNA 1的序列可知 NT9 與屬於subgroup I 的 Fny、O 與 Y 的同
源性都在90% 以上，而與屬於 subgroup II 的CMV-Q同源性為76.9%，顯
示CMV-NT9應屬subgroup 比較 NT9 與 Fny、O、Y 及 Q 各段區域的序列
，發現5''端非轉譯區域的同源性較其它二區域高。經結構分析可知此段區
域內具有 一髮夾狀環(hair- pin loop)的構造，其上並有類似 tRNA
ICR2 的保留序列"GGUUCAAUCCC"，推測此種結構和序列與病毒複製(+)
RNA 時的起始有關。比較 NT9、Fny、 Y、O 和 Q RNA 1 轉譯區域胺基酸
的序列可知中間區域(約500-700)的變異性較高，且此段區域中 (約500-
600)含較高的酸性胺基酸組成，此種情形可能與1a 蛋白的兩端具有保留
motif 有關，比較NT9、Fny、O、Y 及Q 1a蛋白 N 端的保留 motif ，發
現除 Y 系統1a在 motif I的保留位置有變異外，其它區域的相似性都很
高，且都符合保留原則。在C端的helicase保留 motif則不但同源性高且
都符合保留原則。NT9 RNA 1 3''端非轉譯區域與 Q的同源性較其它二區域
低。分析其似 tRNA 的構造可知有些核■酸 的變異並不影響其二級結構
的形成。
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