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研究生:莊麗津
研究生(外文):Li-Chin Chuang
論文名稱:利用二維核磁共振,設限分子動態模擬及模擬粹熄技術決定生物分子於溶液中之結構
論文名稱(外文):Solution Structure Determination of Biomolecules by 2D NMR, Restrained Molecular Dynamics and Simulated Annealing Techniques
指導教授:余靖余靖引用關係
指導教授(外文):Chin Yu
學位類別:博士
校院名稱:國立清華大學
系所名稱:化學學系
學門:自然科學學門
學類:化學學類
論文種類:學術論文
論文出版年:1993
畢業學年度:81
語文別:中文
中文關鍵詞:核磁共振分子動態模擬模擬粹熄溶液結構
外文關鍵詞:NMRMolecular DynamicsSimulated Annealing
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由於二維核磁共振光譜的引進,高磁場光譜儀的問世及電腦模擬運算的新
發展,使得核磁共振已成為有效找尋生化上大分子結構的新方法.相對於
X-RAY繞射法,NMR提供溶液中三度空間結構更具有生理活性意義.本論文研
究是利用二維核磁共振光譜所得的資料,配合電腦軟體計算 Gramicidin
S, 8-Lysine Vasopressin, Oxytocin, Opioid peptide及台灣眼鏡蛇蛇
毒蛋白Cobrotoxin於溶液中合理的三度空間結構.首先利用二維核磁共振
光譜COSY,TOCSY,NOESY,HETCOR或ROESY等判定不同化學環境的質子的化學
位移;其次從一系列不同混合期的2D NOESY(或ROESY)光譜中,由交叉峰體
積對時間作圖的曲線求得起始斜率,由此起始斜率與距離六次方成反比,可
得各質子間的距離.雙面角則由偶合常數依Karplus-type解出. o些合適的
距離與雙面角的設限,加上共價分子本身結構上的限制,配合精細的電腦運
算;peptides利用能量最小化及分子動態模擬計算而Cobrotoxin則利用分
子動態模擬粹熄方法而求得其在溶液中合理的三度空間結構.
目錄
摘要
第I章 緒論
I-1 關於胜 及蛋白質
I-2 以NMR結合分子模擬運算研究胜 、蛋白質的空間結構
I-3 Gramicidin S,8-Lysine Vasopressin,Oxytocin,Cobrotoxin Opioid peptide之三度空間結構的決定
第II章 磁共振的原理及光譜判定方法
第一部份 核磁共振的原理
第二部份光譜的判定
第III章 三度空間結構的尋求
II1-1 NOE建立與分子內質子與質子間的距離
III-2 距離幾何運算
III-3 能量最小化計算
III-4 距離設限動態模擬運算
III-5 分子動態模擬醉熄
III-6 NOESY光譜之反運算
第IV章 以2D NMR、距離幾何運算及距離設限量能最小化研究Gramicidin S在溶液中之三度空間結構
IV-1 簡介
IV-2 樣品製備與實驗
IV-3 結果與討論
第V章 以2D NMR、距離幾何運算及離設限能量最小化方法研究 8-Lysine Vasopressin在溶液中之三度空間結構
V-1 簡介
V-2 樣品製備與實驗
V-3 結果與討論
第VI章 以2D NMR及分子動態模擬研究Oxytocin在溶液中之三度空間結構
VI-1 簡介
VI-2 樣品製備與實驗
VI-3 結果與討論
第VII章 以2D NMR及分子動態模擬醉熄研究Cobrotoxin在溶液中的三度空間結構
VII-1 簡介
VII-2 樣品製備與實驗
VII-3 結果與討論
第VIII章 以2D NMR、分子動態模擬及光譜反運算研究Opioid peptide在溶液中的三度空間結構
VIII-1 簡介
VIII-2 樣品製備與實驗
VIII-3 結果與討論
第IX章 參考資料
第X章 總結
附錄
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