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臺灣博碩士論文加值系統

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研究生:戴至平
研究生(外文):Day, Chi-Ping
論文名稱:以人工演化方法改進RNA二級結構之預測
論文名稱(外文):Strive: Structure Refinement by In Vitro Evolution
指導教授:楊永正楊永正引用關係
指導教授(外文):Dr, Ueng-Cheng Yang
學位類別:碩士
校院名稱:國立陽明大學
系所名稱:生物化學研究所
學門:生命科學學門
學類:生物化學學類
論文種類:學術論文
論文出版年:1996
畢業學年度:84
語文別:中文
中文關鍵詞:人工演化方法親緣分析水解圖譜
外文關鍵詞:RNA
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RNA 二級結構對許多種生物活性,如mRNA功能之控制、反應催化、大型複合物之形
成等,都極為重要。分析RNA 二級結構可增進我們對這些活性機制的了解,並可為
進一步的研究設計新的實驗。通常決定RNA 二級結構的方法是由實驗資料設定限制
條件,改進能量極小化方法所預測出的結構; 而這些實驗資料包括親緣分析、酵素
或化學切割圖譜、突變分析等結果。一個良好的起始結構能大大減少後續改進工作
所需的時間。
在本研究中,藉評估選擇性例子的親緣分析及水解圖譜資料得知,RNA 保守序列在
結構預測中可提供極有效率的單股限制條件,並得到良好的起始條件以為後續改進
之用。以此結果為基礎,我們設計使用濾紙接合法篩選RNA 隱匿突變株的實驗,辨
認突變株中保守序列,來分析非洲有爪水生蛙Vgl 位移訊號RNA 之二級結構。此方
法利用Tag DNA 聚合酵素缺乏校對活性的特性,在PCR 中產生Vgl 位移訊號DNA 的
突變株。再使用這些突變DNA 作為生體外轉錄反應的模板,合成突變RNA 。以濾紙
接合法篩選出可和水生蛙卵母細胞抽出物蛋白質接合的RNA 隱匿突變株後,用反轉
錄反應將之轉化為DNA ,並在PCR 中擴增。這些DNA 可做為下一個循環篩選過程的
起始物。因為此過程包含產生突變、競爭篩選、與族群擴增等步驟,故稱之為「人
工演化」。數次循環篩選後,將所得DNA 產物以混合物型式進行序列分析,辨認出
保守區域及變化區域。保守區域極可能是和蛋白質接合有關之重要區域; 使用這些
區域做為限制條件改進預測,得到了數個Vgl 位移訊號RNA 之起始結構。

QRCODE
 
 
 
 
 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
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