第一章「緒論」。介紹筆者的「研究動機和目的」、「前人研究成果的檢討」、「材料選擇與應用」、「研究方法與步驟」（下面再分「研究方法、研究步驟、章節安排與每章節的特色」）、「全文摘要」及「關鍵字詞」。
第二章「本經源流與傳譯」中分成九小節來討論。這九小節中每節都扣緊《楞嚴經》的源流與傳譯來討論。每節所給的小標題皆冠上「疑」或「考」字。分別是「楞嚴經之解題」、「歷代疑偽之說」、「傳譯作者之疑」、「廣州光孝寺考」、「敦煌寫本之考」、「作者身份之疑」、「經文流傳之疑」、「梵本有無之疑」、「經文譯本之考」。本章大致皆以文獻史料為據，間接考證其時間、地點、年代的前後關係。以獲得《楞嚴經》傳譯更多及更正確的訊息。
第三章主要是處理《楞嚴》經文義理之真偽，名為「經義真偽之釋疑」。以「釋疑」二字表示義理之諍本來就是件頗難獲得大眾一致的讚同。內容亦分九節：分別是「摩登伽經故事之考察」、「摩登與楞嚴壇場之疑」、「楞嚴咒與其咒心之疑」、「遠諸魔事與護法之疑」、「善惡業報與滅罪之疑」、「隨心滿願與酬還之疑」、「燒身爇臂與燃指之疑」、「食肉殺生與因果之疑」、「情想升沈與戒婬之疑」。第一節到第六節都有連帶關係，基本上不離摩登伽女、楞嚴咒、善惡獲福等的討論。第七節到第九節皆環繞《楞嚴經》的戒律學而討論。第九節的婬戒是又與第一節「摩登伽故事」相回應。
第四章是「本經目錄與評價」。首節提供歷代祖師對《楞嚴經》的評價之說。次節則將《大正藏》之「目錄部」、《昭和法寶總目》三冊及敦煌遺書目錄集中於此，提供《楞嚴經》更完善的目錄學。
第五章「結論」。筆者對整篇論文的總檢討及心得，並借此論文得以準備未來所要發展及研究《楞嚴經》的更多題材。
第六章「參考資料影印」。蒐錄「本論所引重要資料」（包括寺志、外典之說）、「本經音義校釋資料」（敦煌本的《楞嚴經》音義寫本）、「敦煌遺書殘卷資料」（附上敦煌《楞嚴》每卷的第一頁以供參考）。
最後是本論的「參考書目」。分成「歷代有關楞嚴經注解及研究書目」、「楞嚴經研究論文目錄」、「相關資料參考書目」、「現存國內外楞嚴經善本書目」、「楞嚴經錄音帶流通資訊」等項目
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