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研究生:張永漢
研究生(外文):Yung-Han Chang
論文名稱:數量性狀基因座多區間定位法在雙變量資料上之應用
論文名稱(外文):Multiple Interval Mapping of Quantitative Trait Loci (QTL) For Bivariate Data
指導教授:劉清
指導教授(外文):Ching Liu
學位類別:碩士
校院名稱:國立臺灣大學
系所名稱:農藝學研究所
學門:農業科學學門
學類:一般農業學類
論文種類:學術論文
論文出版年:2001
畢業學年度:89
語文別:中文
論文頁數:84
中文關鍵詞:數量性狀基因座遺傳標識因多效性上位性簡單區間定位法綜合區間定位法牛頓法
外文關鍵詞:quantitative loci (QTL)genetic makerpleiotropyepistasissimple interval mapping (SIM)composite interval mapping (CIM)Newton-Raphson method
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隨著生物科技的發展,數量性狀基因座(QTL)定位法越顯重要。在早期,數量性狀基因座定位法的演進乃是考量在最簡單的遺傳模式假設之下,即單一性狀不包含上位性(epistasis)的遺傳模式;但有時基因間的表現並不是如此的單純,也許基因具有多效性(pleiotropy)、也許基因座間具有上位性,因此後來有學者考量到單一性狀包含上位性的遺傳模式,亦有學者考量到多性狀但不包含上位性的遺傳模式;但尚未有學者同時考量上位性與多效性,因此本研究即是同時考慮多種性狀並考量基因座間具有上位性的遺傳模式,並分別以簡單區間定位法及綜合區間定位法來建構此種遺傳模式考量下的統計模式,以做QTL之定位及效應之估算。研究結果得知,在本研究模擬的情形下,以模式同時考量多性狀可以檢定出是否具有基因多效性的情形;而若基因座間不具有上位性效應卻在模式中加入上位性效應來做檢定估算,並不會檢定出有上位性之結果;唯有當具有上位性的兩個基因座位於不同染色體上時,若有其他的基因座位於此兩個染色體上,則此基因座就很有可能因為同染色體上具有上位性的基因座影響,而與另一條染色體上的基因座顯現出上位性效應,造成錯誤之上位性檢定及估算結果。一般而言,以本研究同時考量多性狀並包含上位性的遺傳模式來作定位及效應估算,對於基因間所可能有的一些表現皆能有良好的檢定效果。

Most studies on the mapping and analysis of quantitative trait loci(QTL) are confined to single trait without epitasis model. Some consider multiple trait (or pleiotropy) without epistasis and some tackle single trait with epistasis. This paper deals with the more complex problem of multiple trait with epistasis. Simple interval mapping (SIM) and composite interval mapping (CIM) are used to dissect the discrete Mendelian factors underlying quantitative trait. Maximum likelihood estimates and asymptotic dispersion matrix of model parameters are derived for both SIM and CIM. Results from the analysis of several simulated data sets indicate that pleiotropy and epistasis can both be detected if they are in fact both present. When two epistatic QTLs are located on two different chromosomes, false positive of epistasis of these two QTLs with other QTL located on either chromosome of these two epistatic QTLs can sometimes arise due to noisy effect. In most situations studied in this paper, multiple trait with epistasis analysis of genetic mapping for QTL is satisfactorily effective.

壹、前言 1
貳、前人研究 2
一、單一性狀不包含上位性的遺傳模式 3
1、簡單線性迴歸分析 3
2、簡單區間定位法 4
3、複迴歸分析 5
4、綜合區間定位法 6
二、單一性狀包含上位性的遺傳模式 7
三、多性狀不包含上位性的遺傳模式 9
參、多性狀包含上位性的遺傳模式 10
一、遺傳模式 10
二、基本假設 13
三、數量性狀基因座定位法 14
1、掃描QTL可能存在之區間及位置 14
a、簡單區間定位法 15
b、綜合區間定位法 15
2、兩性狀包含上位性之統計模式 16
a、簡單區間定位法 16
b、綜合區間定位法 18
3、QTL組合之基因型權數 19
四、概似函數 22
1、掃描QTL可能存在之位置時之混合分布及概似函數 22
2、兩區間內QTL 組合並包含上位性
之混何分布及概似函數 23
五、最大概似估值 24
六、假設檢定 25
1、初步掃描QTL可能存在之位置 26
2、兩區間內QTL組合下效應之檢定 27
肆、資料模擬 28
一、模擬產生各基因座之基因型 29
二、模擬產生染色體上所有QTLs對性狀之貢獻值 31
伍、結果與討論 32
一、初步掃描QTL可能存在之位置 33
二、兩QTL組合並考慮上位性做進一步的定位與效應估算 33
1、最大概似估值與對上位性之檢定力 38
2、同時考慮多性狀的優點 54
三、討論 55
陸、參考書及與文獻 59
附錄A、數量性狀基因座表型值之理論分布 61
附錄B、數量性狀基因座各基因型出現機率及其對交換率(r)
之一次及二次微分式 63
附錄C、對數概似函數各階微分結果 68

劉清. (1997). 數量性狀基因座定位法上最大概似估計值及漸進變異矩陣
之計算.中華農藝,第七卷:213-243.
劉清. (1998). Maximum likelihood estimation of a general
mixture model by Newton-Raphson method for mapping and
analysis of quantitative trait loci.中華農藝,第八卷:69-82.
江志民. (1998). 數量性狀基因座定位法在二項分布上之應用.台灣大學
碩士論文.
張雪愷. (2000). 數量性狀基因座定位法在順序資料上之應用.台灣大學
碩士論文.
Bailey, N.T.J. (1961). Introduction to the Mathematical Theory
of Genetic Linkage. Oxford University Press.
Cowen, N.M., (1989). Multiple linear regression analysis of
RFLP data sets used in mapping QTLs, pp. 113-116 in
Development and application of molecular markers to
problems in plant genetics,, edited by T. Helentjaris and
B. Burr. Cold Spring harbor Laboratory, Cold Spring Harbor,
N.Y.
Jiang, C. J. and Z. B. Zeng. (1995). Multiple trait analysis of
genetic mapping for quantitative trait loci. Genetics,
140:1111-1127.
Kao, C. H. (1995). Statistical methods for locating positions
and analyzing epistasis of multiple quantitative trait
genes using molecular marker information. PhD thesis, North
Carolina State University.
Lander, E. S., and D. Boststein, (1989). Mapping Mendelian
factors under-lying quantitative traits using RFLP linkage
maps. Genetics, 121:185-199.
Soller, M., and T. Brody, (1976). On the power of experimental
designs for the detection of linkage between marker loci
and quantitative loci in crosses between inbred lines.
Theor. Appl. Genet, 47: 35-39.
Stam, P., (1991). Some aspects of QTL analysis, in proceedings
of the Eighth Meeting of the Eucarpia Section Biometrics in
Plant Breeding. BRNO, July 1991.
Zeng, Z. B., (1993). Theoretical basis of separation of
multiple linked gene effects on mapping quantitative trait
loci. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:10972-10976.
Zeng, Z. B., (1994). Precision Mapping of mapping quantitative
traits loci. Genetics, 136:1457-1468.

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