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臺灣博碩士論文加值系統

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研究生:邱毓翰
研究生(外文):Yu Han-Chiou
論文名稱:在有限制情況下之多重序列排比
論文名稱(外文):Constrained Multiple Sequences Alignment
指導教授:唐傳義
指導教授(外文):Chuan-Yi Tang
學位類別:碩士
校院名稱:國立清華大學
系所名稱:資訊工程學系
學門:工程學門
學類:電資工程學類
論文種類:學術論文
論文出版年:2002
畢業學年度:90
語文別:中文
論文頁數:33
中文關鍵詞:多重序列排比序列排比有限制情況下之序列排比
外文關鍵詞:multiple sequence alignmentconstrained sequence alignmentconstrained alignment
相關次數:
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在這篇論文當中我們設計了一個演算法,稱為「在有限制情況下的多重序列排比」,由於之前的多重序列排比方法不一定能夠滿足生物學家的需求,特別是某些被認定應該必須排比在一起的字元。所以我們設計了一個方法能夠滿足生物學家所認定必須排比在一起的字元。首先我們先設計了一個三維空間動態程式設計的方法來產生在有限制情況下時兩條序列的排比,接著我們再使用Feng and Doolittle [8]所提逐步排比的方法(progressive alignment approach),對所有的序列做任兩條有限制的序列排比,利用此結果建立一個距離矩陣(distance matrix),然後根據距離矩陣中序列的相似程度利用Kruskal演算法來建立最小擴張樹。最後根據Kruskal找尋最小擴張樹的順序逐一合併所有的兩條序列排比,形成有的限制多重序列排比。在我們的實驗之下,證明了我們的方法能夠的將生物學家所提出的限制條件,完全的排比在一起。而我們演算法的時間複雜度,在K條序列下為需花O(Kn4),其中n為所有序列中的最大長度。所以我們的方法可算是一個不錯的方法。
We design a new algorithm of computing constrained multiple sequence alignment (CMSA) for guaranteeing that generated alignment satisfies the user- specified constraints that some particular residues should be aligned together. The first step of our strategy is design a constrained pairwise sequence alignment. Next, based on the concept of progressive alignment, we use the constrained pairwise sequence alignment to progressively merge the sequences. The time complexity of our CMSA algorithm for aligning K sequences is O(Kn4),where n is the maximum of lengths of sequences. We experimented our algorithm on RNases sequences with known structure and results of our experiment are all the important residues of active sites are well aligned together.
目錄
中文摘要 1
英文摘要 2
目錄 3
Chapter 1 簡介 4
Chapter 2 相關背景 6
2.1兩條序列的排比 6
2.2利用Kruskal 的方法來尋找最小擴張樹 9
2.3利用Kruskal MST的順序來做多重序列排比 11
2.4二維空間中尋找最大值的問題 14
Chapter 3 我們的方法 16
3.1有限制情況下之兩條序列排比 16
3.2 改進CPSA時間複雜度的方法 23
3.3 有限制情況下之多重序列排比 25
Chapter 4 實驗結果 28
Chapter 5 討論與結論 30
Chapter 6 未來工作 31
Reference 32
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4. Michael S. Waterman Introduction to Computational Biology
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5.Thomas H Cormen and Charles E. Leisersoan Introductions to Algorithms.
The MIT Press
6.R. C. T. Lee and R. C. Chang (2001) Introduction to the design and analysis of
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7.S. B. Needleman and C. D. Wunsch(1970) A general method applicable to the search for similarities in amino acid sequences of two proteins. J. Mol. Biol.
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8.Feng,D.F. and Doolittle, R. F. ,Progressive sequence alignment as prerequisite to correct phylogenetic trees, Journal of Molecular Evolution,25(1987)351-360.
9. .Morgenstern, B., e Dress, A., Wener, T. Multiple DNA and protein sequences alignment based on segment to segment comparison. Proc. Natl. Acad. Sci.
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10.Morgenstern, B., Frech, K., Dress, A., Wener, T. DIALIGN: Finding local similarities by multiple sequences alignment.Bioinformatics,14(1998)290-294
11. Morgenstern, B., DIALIGN2: improvement of the segment to segment approach to multiple sequences alignment. Bioinformatics,15(1999)211-218.
12.Apostolico, A., Giancarlo, R., Sequence Alignment in Molecular Biology.
Journal of Computational Biology,5(1998)173-196.
13.清華大學資訊工程研究所林世杰碩士論文
QRCODE
 
 
 
 
 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
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