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臺灣博碩士論文加值系統

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研究生:嚴國才
研究生(外文):Kuo-Tsai Yen
論文名稱:根據幾何形狀之蛋白質接合研究
論文名稱(外文):Protein-Protein Docking Based on Geometric Shape
指導教授:荊宇泰
指導教授(外文):Yu-Tai Ching
學位類別:碩士
校院名稱:國立交通大學
系所名稱:資訊科學系
學門:工程學門
學類:電資工程學類
論文種類:學術論文
論文出版年:2003
畢業學年度:91
語文別:中文
論文頁數:55
中文關鍵詞:蛋白質接合形狀互補性組態空間障礙
外文關鍵詞:Protein DockingConfiguration Space ObstacleShape Complementarity
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隨著近幾年生物科技的進步,越來越多的蛋白質結構被解出,不管是使用傳統的方式--在實驗室中產生,或者是使用電腦模擬產生。因此,生物化學家們為了理解日益增多的蛋白質結構的功能,便讓蛋白質彼此化合與作用,藉以了解其功能與運作的方式。以人工的方法在實驗室中操作,通常需要耗費相當多的時間,因此由電腦輔助,快速地找出蛋白質分子間的關連性,便因應而生。我們在此提出了一個完全以蛋白質的幾何形狀為我們的接合運算,沒有涉入任何的能量考量。我們使用機器人學(Robotics)裡的組態空間障礙(Configuration Space Obstacle)的概念,將欲接合的兩個蛋白質分子的其中之一設為機器人,另一則為空間中的障礙物,藉由機器人在障礙物的表面檢視過一遍後,找出可進入的地方,即為兩蛋白質分子可相互接合之處。

Protein docking is an important research area in bio-technology. In this thesis, we purposed an algorithm that examines the docking places for a pair of proteins or protein-ligand pair based on the geometric shape completely. The algorithm is developed based on the idea of the “Configuration Space obstacle” in Robotics. Given a pair of proteins (or a protein-ligand pair), we consider one of protein is the robot and the other is the obstacle. In the configuration space obstacle approach, we enlarge the obstacle to the configuration space obstacle but shrink the robot into a single point. A point in the surface of the configuration space obstacle is the place that the robot touches the obstacle at one point. In the protein docking area, a point in the cavity in the surface of the configuration space obstacle is a possible docking site.

中文摘要 i
英文摘要 ii
誌謝 iii
目錄 iv
圖表目錄 vi
第一章 序論 1
1.1 前言 1
1.2 研究動機與目的 2
1.3 論文架構 3
第二章 相關研究 4
2.1 分子表面的呈現 5
2.2 比對演算法 7
2.3 計分函式 10
第三章 蛋白質3D模型的建構與接合的判斷 11
3.1 3D模型的建構 12
3.2 接合判斷 17
第四章 實驗步驟 21
4.1 實作流程 22
4.2 細部參數的設定 26
4.3 顯示結果 27
第五章 實驗結果與討論 28
5.1 蛋白質接合使用已形成化合物資料(Bound Protein)29
5.2 蛋白質接合使用獨立蛋白質鏈(Unbound Protein) 37
第六章 結論 45
參考文獻 47

[1] B. Lee, and Richards, F. M. “Solvent accessibility of groups in proteins.”, J. Mol. Biol. 55, 379-400, 1971.
[2] Connolly, M. L. “Solvent-Accessible Surfaces of Proteins and Nucleic Acids.”, Science 221, 709-713.
[3] Connolly, M. L. “Shape complementarity at the hemoglobin α1β1 subunit interface.”, Biopolymers 25, 1229-1247, 1986.
[4] Lin, S. L., Nussinov, R., Fischer, D. & Wolfson, H. J. “Molecular surface representation by sparse critical points.”, Proteins: Struct. Funct. Genet. 18, 94-101, 1994.
[5] Wang, H. “Grid-search molecular accessible algorithm for solving the protein docking problem.”, J. Comp. Chem. 12, 746-750, 1991.
[6] Norel, R., Lin, S. L., Wolfson, H. J. & Nussinov, R. “Shape complementarity at protien-protein interfaces.”, Biopolymers 34, 933-940 1994.
[7] Norel, R., Lin, S. L., Wolfson, H. J. & Nussinov, R. “Molecular surface complementarity at protein-protein interfaces: The critical role played by surface normals at well placed, sparse, points in docking.”, J. Mol. Biol. 252, 263-273, 1995.
[8] Fischer, D., Lin, S. L., Wolfson, H. J. & Nussinov, R. “A geometry-based suite of molecular docking processes.”, J. Mol. Biol. 248, 459-477, 1995.
[9] Norel, R., Petrey D., Wolfson, H. J. & Nussinov, R. “Examination of shspe complementarity in docking of unbound proteins.”, Proteins: Struct. Funct. Genet. 36, 307-317, 1999.
[10] Eleanor J. Gardiner, Peter Willett, and Peter J. Artymiuk “Protein docking using a Genetic Algorithm.”, Proteins: Struct. Funct. Genet. 44, 44-56, 2001.
[11] Manuela Helmer-Citterich and Anna Tramontano “PUZZLE: A new method for automated protein docking based on surface shape complementarity.”, J. Mol. Biol. 235, 1021-1031 1994
[12] Pen-Chyi Chen. “Research on frequency domain morphing method and an application to Average of Brains.”, 國立交通大學資訊科學所碩士論文, 2002
[13] Michael J. E. Sternberg “Protein Structure Prediction─A Practical Approach.”, 1996
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