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臺灣博碩士論文加值系統

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研究生:趙中立
研究生(外文):Chung-Li Chao
論文名稱:代謝系統之熱力學限制
指導教授:汪上曉汪上曉引用關係
學位類別:碩士
校院名稱:國立清華大學
系所名稱:化學工程學系
學門:工程學門
學類:化學工程學類
論文種類:學術論文
論文出版年:2003
畢業學年度:91
語文別:中文
論文頁數:76
中文關鍵詞:代謝系統之熱力學限制可視化
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代謝作用是所有發生於生命細胞中化學反應的總稱,此關係到細胞物質和能量資源上的運用。而此反應系統是屬於一連串的複雜反應,在幾何上為一高維的物件,其質量結算和熱力學上的平衡限制並不能視覺化的分析。
本人利用Wibowo & Ng (2002)的齊性空間多重正交投影法概念將複雜的代謝系統外部反應路徑所受限的平衡限制投影到二維圖形上以供了解。
在系統反應可行的能量區域裡,我們發現系統裡的代謝物濃度並不會影響到整個反應行進的能量,即反應的驅動力不會改變
只有反應物、生成物和currency metabolites的濃度會影響到外部反應路徑的能量和反應進度。

摘要
目錄
圖目錄
表目錄
一、緒論
一.1 代謝系統
一.2 代謝工程
一.3 研究動機及目的
二、反應熱力學之評估
二.1 傳統反應之自由能表示法
二.1.1 化學反應自由能
二.1.2 化學反應動力式
二.2 代謝反應之標準自由能估算
二.2.1 代謝化合物之標準生成自由能
二.2.2 代謝反應之標準自由能
二.3 代謝反應之熱力學可行性
二.3.1 代謝系統之反應熱力學演算
二.3.2 Glycolysis之反應可行性
二.4 複雜反應系統的總自由能曲面和動力路徑
三、高維度幾何物件投影
三.1 代謝反應外部路徑
三.1.1 類穩定條件
三.1.2 外部反應路徑表示法
三.1.3 高維度反應路徑錐形體
三.2 高維度幾何物件投影
三2.1 相圖的拓樸結構
三.2.2 立體之Polythermal projection
三.2.3 平面Polythermal投影圖
三.2.4 齊性座標之多重正交投影法
三.2.5 驗證外部反應路徑:建立系統之線性獨立座標
四、代謝反應之熱力學限制可視化
四.1 建立系統投影平面之平衡限制方程式
四.2 假想系統之反應平衡對代謝物濃度的限制
四.3 Glycolysis之反應平衡對代謝物濃度的限制
四.3.1 建立外部反應路徑
四.3.2 反應平衡對代謝物濃度的限制
五、外部反應路徑之進度對反應的影響
五.1 反應平衡對外部反應路徑進度的限制
五.1.1 代謝反應總自由能曲面
五.1.2 總自由能曲面之拓撲結構
五.1.3 總自由能曲面之投影
五.2 假想系統之反應平衡對反應途徑進度的限制
五.2.1 系統內外部反應路徑1到3之平衡限制
五.2.2 系統內外部反應路徑1到5之平衡限制
五.3 Glycolysis之反應平衡對反應途徑進度的限制
六、結論
參考文獻

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