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臺灣博碩士論文加值系統

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研究生:葉瓊玉
研究生(外文):Chiung-Yuh Yeh
論文名稱:基因組k-mers分佈的模型之研究
論文名稱(外文):A Modle for the Distributions of k-mers in Genomes
指導教授:楊緒濃
指導教授(外文):Su-Long Nyeo
學位類別:碩士
校院名稱:國立成功大學
系所名稱:物理學系碩博士班
學門:自然科學學門
學類:物理學類
論文種類:學術論文
論文出版年:2004
畢業學年度:92
語文別:中文
論文頁數:60
中文關鍵詞:基因組Erlang 機率分佈
外文關鍵詞:genomeErlang probability
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  微生物基因組已經被證明是很大的系統裡,存在著小系統的統計特性。例如:微生物基因組的成長是隨著片段複製來進行。因此,本論文比較人類基因組和微生物基因組在統計上的特性有何不同。發現脊索門的鹼基分佈圖(2-mers~8-mers)擁有明顯的雙峰特性(除了斑馬魚較不明顯之外),其餘樣本分佈圖均為單峰特性,藉由此發現來探討雙峰的演化機制。另外,我們發現到只要是同一個生物,它們內部的各個染色體鹼基分佈圖都很像,這可能跟它們都是從同一個環境演化有關。在本文裡,也分析了人類基因組的一些特性,譬如2k-mers的information分佈會受到CG的影響;人類大部分的末端染色體所含的(C+G)比例較高,可能是跟穩定末端結構有關。
1. 前言...........................................1
1.1 鹼基的結構.................................1
1.2 基因(基因組)的演化.........................2
1.3 突變的種類.................................3
2. k-mers圖形分佈.................................4
2.1 平均值及標準差.............................4
2.2 k-mers圖形分佈.............................6
3. 圖形比較......................................10
3.1 hs_chr20,hs_chr21,hs_chr22內部(C+G的比較).10
3.2 人類染色體的比較..........................12
3.3 hs_chr21跟random sequence的比較...........13
3.4 hs_chr21第一峰分佈的探討..................15
3.5 hs_chr21內部結構的探討....................18
3.6 各種生物演化比較..........................20
4. Information...................................25
4.1 Entropy...................................25
4.2 Information...............................26
4.3 影響Information分佈的模擬.................27
5. Erlang機率分佈方程式..........................30
6. 模型..........................................32
6.1 一般的基因組理有效得隨機序列長度..........32
6.2 CG次數上的限制............................35
6.3 隨機選取的片段複製長度以及單點突變........36
6.4 模型流程..................................36
7. 結論..........................................41
參考文獻.........................................43
A 人類染色體末端序列k=2的組成比例圖.............45
B 程式碼........................................56
[1] A. Meyer, Duplication,duplication, Nature 421,31 (2003).
[2] A. Sidow, Gen(om)e duplications in the evolution of early vertebrates, Curr. Opin. Genet. Dev. 6, 715 (1996).
[3] D. Holste, I. Grosse, and H. Herzel, Statistical analysis of the DNA sequence of human chromosome 22, Physical Review E 64, 041917 (2001).
[4] D. Holste, I. Grosse, Repeats and correlations in human DNA sequences, Physical Review E 67, 061913 (2003).
[5] F. Lyko, DNA methylation learns to fly, TRENDS in Genetics 17, 169 (2001).
[6] J.K. Percus, Mathematics of Genome Analysis, 78 (2002).
[7] L.C. Hsieh, L.F. Luo and H.C. Lee, Evidence for Growth of Microbial Genomes by Short Segmental Duplications, IEEE Proc. Comp. Sys. Bioinformatics, 474-475(2003).
[8] L.C. Hsieh , L. Luo , F. Ji, and H.C. Lee, Minimal model for Genome Evolution and Growth, Physical Review Letters 90, 018101 (2003).
[9] M. Lynch and J.S. Conery, The Evolutionary Fate and Consequences of Duplicate Genes, Science 290, 1151 (2000).
[10] T.D. Schneider, Information Theory Primer, website (2000): http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/paper/primer/
[11] T.Y. Chen, L.C. Hsieh, C.H. Chang, L.F. Luo, F.M. Jia and H.C. Lee, Universal lengths in complete microbial genomes, Mod. Phys. Lett. (2004, to appear).
[12] 沈珝琲、方福德主編, 真核基因表達調控, 九州圖書文物有限公司, 台北市, 第一版:1999
[13] 陳嘉芬編著, 現代遺傳學, 藝軒圖書出版社, 台北市, 1993
[14] 道格拉斯•鮑莫, 史前地球圖解百科, 協和國際多媒體股份有限公司, 台北縣, 2000
[15] 染色體序列來源
老鼠、E. coli.、T. pal、fruit fly、yeast、A. thaliana的染色體序列取自NCBI網站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
人類染色體取自NCBI 2003/4 版本
雞的染色體取自 http://genome.wustl.edu
zebrafish染色體取自 http://www.sanger.ac.uk/DataSearch/databases.shtml
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