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研究生:吳宜芸
研究生(外文):Yi-Yun Wu
論文名稱:B型肝炎病毒基因型分析與序列比對系統之研究
論文名稱(外文):A Study on Analysis of Hepatitis B Virus Genotype and Sequence Alignment Systems
指導教授:孫光天孫光天引用關係
指導教授(外文):Koun-Tem Sun
學位類別:碩士
校院名稱:國立臺南大學
系所名稱:資訊教育研究所碩士班
學門:教育學門
學類:教育科技學類
論文種類:學術論文
論文出版年:2005
畢業學年度:93
語文別:中文
論文頁數:83
中文關鍵詞:B型肝炎病毒基因型序列比對動態規劃探針
外文關鍵詞:HBV genotypesequence alignmentdynamic programmingprobe
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B型肝炎病毒基因型以其核苷酸序列8%之差異,共分為(A~H)8型,由於其基因型與核苷酸序列之差異,與「抗藥性病毒株的出現」、「治療病程中臨床變化」、「B型肝炎病毒核苷酸的改變」有關,所以本研究目的在於設計「鑑定B型肝炎病毒基因型」以及「B型肝炎病毒核苷酸序列比對分析」之工具。
我們依據探針原理與其實驗溫度之變化,設計了「探針設計分析系統」;應用動態規劃演算法於序列比對,設計了「HBV基因型與序列比對分析系統」。兩個系統皆可應用於B型肝炎病毒基因型之鑑定,而且「HBV基因型與序列比對分析系統」還可以用來分析核苷酸序列差異與變化。
由於大量的B型肝炎病毒核苷酸序列資料與複雜的運算過程,若使用人工方式來進行「探針設計資訊之尋找」與「核苷酸序列之比對」是費時費力且不易完成的。本研究利用「探針特性」來設計系統,讓使用者可以應用探針條件設定,迅速與便利的找出具有專一性的探針設計資訊;且使用「編碼技術」與我們所設計的「搜尋公式」,配合運用「動態規劃演算法」進行研究所需的序列比對,應用於基因型鑑定與序列變化、差異分析。
研究結果顯示,我們的系統可以有效的找出具有專一性的探針,而且於序列比對方面,可以快速鑑定input sequence是屬於何種基因型且能分析其序列變化與差異。
Hepatitis B virus (HBV) includes eight genotypes (A to H) which are categorized by the difference between the nucleotide sequences above 8 percent. The HBV genotype may impact the response of antiviral treatment, clinically significant differences and the change of nucleotide sequences. In this study, we proposed an algorithm to identify HBV genotype and nucleotide sequences difference.
We used the principle of probe to make a “Probe Design System” and applied dynamic programming to develop an “Analysis System for the HBV Genotype and Sequence Alignment”. The systems are able to identify the genotype. One of the systems can tell the difference between input sequence and genotype sequence.
In this research, we design “probe design system” with the character of probe. And we use encoding method, search function and dynamic programming to design “analysis system for the HBV genotype and sequence alignment”.
The experiment shows both systems perform well. We can find the specific probe conditions and the sequence difference with the systems mentioned in the above.
中文摘要 i
英文摘要 ii
目次 iii
表次 iv
圖次 v
第一章 緒論 1
第一節 研究動機 1
第二節 研究目的 2
第三節 研究問題與內容 3
第四節 名詞釋義與說明 4
第五節 研究架構 6
第二章 文獻探討 8
第一節 B型肝炎病毒 8
第二節 B型肝炎病毒基因型 10
第三節 動態規劃 12
第四節 序列比對 16
第五節 探針原理 20
第三章 研究方法 21
第一節 研究資料處理 21
第二節 核苷酸序列編碼與序列比對片段之尋找 24
第三節 運用動態規劃於序列比對 32
第四節 探針設計 37
第四章 系統設計與操作 39
第一節 系統架構與運作流程 39
第二節 系統介面與操作 44
第三節 系統特色 52
第五章 研究結果與分析 55
第一節 基因型鑑定結果分析 55
第二節 序列比對結果分析 63
第六章 結論與建議 74
第一節 結論 74
第二節 建議 75
參考文獻 76
一、中文部分 76
二、英文部分 77
附錄 79
附錄 1 B型肝炎病毒各基因型的病毒名稱 79
一、中文部分

行政院衛生署(民89)。中華民國85~89年台灣地區肝炎篩檢統計報告。中華民國行政院衛生署。

余文華(民91)。快速聚合酵素連鎖反應系統之開發與研究。國立臺灣大學機械工程學研究所碩士論文,台北市。

李世杰、林仲彥、陳淑華 & OSB – TW譯(民91)。生物資訊學電腦技術。台北市:美商歐萊禮台灣分公司。

邱毓翰(民91)。在有限制情況下之多重序列排比。國立清華大學資訊工程研究所碩士論文,新竹市。

林志陵(民92)。e抗原陰性之B型肝炎病毒相關性肝疾病其B型肝炎病毒基因型及precore / basal core promoter變異之分析。國立台灣大學臨床醫學研究所碩士論文,台北市。

林吉仁(民89)。作業研究。臺北市:高立。

潘昭賢、葉瑞徽(民91)。作業研究。臺中市:滄海。

蔡淑燕(民91)。運用多區間動態規劃於選題策略之研究。國立台南師範學院資訊教育研究所碩士論文,台南市。

魏哲和(民91)。基因、生命科學、生物技術專刊。台北市:行政院國家科學委員會。


二、英文部分

Blumberg, B. S., Alter, H. J., Visnich S. (1965). A "new" antigen in leukemia sera. JAMA, 252, 252-257

Ganem, D., & Varmus, H. E. (1987). The molecular biology of the hepatitis B viruses. Annu Rev Biochem, 56, 651-693.

Kane, M. (1995). Global programme for control of hepatitis B infection. Vaccine, 13, S47- S49.

Kao, J.H., & Chen, D. S. (2002). Global control of hepatitis B virus infection. Lancet Infect Dis, 2, 395-403.

Karin, kidd-ljunggren, Yuzo, Miyakawa, & Alistair, H. Kidd (2002). Genetic variability in hepatitis B viruses. Journal of General Virology, 83, 1266-1280.

Needleman, S. B., & Wunsch, C. D. (1970). A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequences of two proteins. Journal of Molecular Biology, 48, 443-453.

Samuel, D., Beard, S., Yang, H., Saunders, N., & Jin , L. (2003). Genotyping of Measles and Mumps Virus StrainsUsing Amplification Refractory Mutation System Analysis Combined With Enzyme Immunoassay:A Simple Method for Outbreak Investigations. Journal of Medical Virology, 69, 279–285.

Smith,T. F., & Waterman, M. S. (1981). Identification of common molecular subsequences. Journal of Molecular Biology, 147, 195-197.

Wolters, L.M., & Hansen, B. E. (2002).Viral dynamics during and after entecavir therapy in patients with chronic hepatitis B. Journal of Hepatololy, 37(1), 137-144
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1. 鄧煌發(民89)。輟學少年之家庭與社會學習因素的比較分析。犯罪學期刊,5期。
2. 鄭崇趁(民88)。中途學校與中輟生輔導。訓育研究,38卷,2期,頁48-56。
3. 鄭崇趁(民83)。國民中小學中途輟學學生的成因與對策。教育研究,36期,頁28-31。
4. 蔡德輝、吳芝儀(民88)。中輟學生的輔導與服務方式─美國選替性教育之另類觀點。訓育研究,38卷,2期,頁34-47。
5. 蔡德輝(民83)。少年犯罪原因與輔導策略。訓育研究,32卷,3期,頁1-8。
6. 劉佩雲(民84)。國民中小學學生中途輟學成因及輔導策略之探討。教育研究資訊,3卷,2期,頁85-93。
7. 黃韻如(民88)。尋回迷途羔羊─從社會工作觀點談中輟生問題。訓育研究,38卷,2期,頁2-15。
8. 黃德祥、向天屏(民88)。中輟學生形成原因與對策之研究。訓育研究,38卷,2期,頁16-33。
9. 張人傑(民83)。改進輟學研究需解決的問題。教育研究雙月刊,37期,頁28-35。
10. 孫震(民75)。教育投資、人力資源與國家發展。中央月刊,19卷,4期,頁92-95。
11. 段秀玲(民76)。中途輟學國中生與一般國中生在生活適應及親子關係上差異之比較研究。輔導月刊,24期,頁31-34。
12. 李雯娣(民89)。國小兒童性格特質之研究。國立屏東師範學院國民教育研究所。
13. 邱文忠(民83)。中途輟學影響因素暨模式及其輔導策略之探討。教育研究,36期,頁32-41。
14. 何進財 鄧煌發(民90)。台灣地區國小暨國中學生輟學概況及其與社會鉅觀因素關係之比較分析。犯罪學期刊,7期,頁1-36。
 
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