B型肝炎病毒基因型以其核苷酸序列8%之差異，共分為（A~H）8型，由於其基因型與核苷酸序列之差異，與「抗藥性病毒株的出現」、「治療病程中臨床變化」、「B型肝炎病毒核苷酸的改變」有關，所以本研究目的在於設計「鑑定B型肝炎病毒基因型」以及「B型肝炎病毒核苷酸序列比對分析」之工具。
我們依據探針原理與其實驗溫度之變化，設計了「探針設計分析系統」；應用動態規劃演算法於序列比對，設計了「HBV基因型與序列比對分析系統」。兩個系統皆可應用於B型肝炎病毒基因型之鑑定，而且「HBV基因型與序列比對分析系統」還可以用來分析核苷酸序列差異與變化。
由於大量的B型肝炎病毒核苷酸序列資料與複雜的運算過程，若使用人工方式來進行「探針設計資訊之尋找」與「核苷酸序列之比對」是費時費力且不易完成的。本研究利用「探針特性」來設計系統，讓使用者可以應用探針條件設定，迅速與便利的找出具有專一性的探針設計資訊；且使用「編碼技術」與我們所設計的「搜尋公式」，配合運用「動態規劃演算法」進行研究所需的序列比對，應用於基因型鑑定與序列變化、差異分析。
研究結果顯示，我們的系統可以有效的找出具有專一性的探針，而且於序列比對方面，可以快速鑑定input sequence是屬於何種基因型且能分析其序列變化與差異。

Hepatitis B virus (HBV) includes eight genotypes (A to H) which are categorized by the difference between the nucleotide sequences above 8 percent. The HBV genotype may impact the response of antiviral treatment, clinically significant differences and the change of nucleotide sequences. In this study, we proposed an algorithm to identify HBV genotype and nucleotide sequences difference.
We used the principle of probe to make a “Probe Design System” and applied dynamic programming to develop an “Analysis System for the HBV Genotype and Sequence Alignment”. The systems are able to identify the genotype. One of the systems can tell the difference between input sequence and genotype sequence.
In this research, we design “probe design system” with the character of probe. And we use encoding method, search function and dynamic programming to design “analysis system for the HBV genotype and sequence alignment”.
The experiment shows both systems perform well. We can find the specific probe conditions and the sequence difference with the systems mentioned in the above.

中文摘要 i
英文摘要 ii
目次 iii
表次 iv
圖次 v
第一章 緒論 1
第一節 研究動機 1
第二節 研究目的 2
第三節 研究問題與內容 3
第四節 名詞釋義與說明 4
第五節 研究架構 6
第二章 文獻探討 8
第一節 B型肝炎病毒 8
第二節 B型肝炎病毒基因型 10
第三節 動態規劃 12
第四節 序列比對 16
第五節 探針原理 20
第三章 研究方法 21
第一節 研究資料處理 21
第二節 核苷酸序列編碼與序列比對片段之尋找 24
第三節 運用動態規劃於序列比對 32
第四節 探針設計 37
第四章 系統設計與操作 39
第一節 系統架構與運作流程 39
第二節 系統介面與操作 44
第三節 系統特色 52
第五章 研究結果與分析 55
第一節 基因型鑑定結果分析 55
第二節 序列比對結果分析 63
第六章 結論與建議 74
第一節 結論 74
第二節 建議 75
參考文獻 76
一、中文部分 76
二、英文部分 77
附錄 79
附錄 1 B型肝炎病毒各基因型的病毒名稱 79

一、中文部分

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二、英文部分

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