1.行政院公共工程委員會，「生態工法案例編選集」，2004。
2.生態工法網頁，http://eem.pcc.gov.tw/natural/index.php
3.朱達仁，「臺北縣后番仔坑溪應用生態工法整治之生態評估」，台灣水利，53卷，第3期，第90-101頁，2005。
4.李宗儒，「模糊化複合式溪流評估模式之建構與評估-以后番仔坑溪生態工程為例」，私立中華大學營建管理研究所碩士論文，2005。5.朱達仁，「臺北縣雙溪鄉后番仔坑溪應用生態工法整治影響及生態監測評估之研究」，第十四屆水利工程研討會論文集，第D91-D98頁，2004。
6.Ladson, A. R., L. J. White, J. A. Doolan, B. L. Finlayson, B. T. Hart. P. S. Lake, and J. W. Tilleard., “Development and testing of an Index of Stream Condition for waterway management in Australia.”, Freshwater Biology, 41, pp.453-468, 1999.
7.Dep. of Natural Resources and Environment（victoria）, “An Index of stream condition:Catchment Manang er’s Manual”,1999.
8.周正明，「河川生態工法評估程序建立-溪流狀況指數為例」，國立台灣大學土木工程學研究所碩士論文，2002。9.朱達仁、李宗儒，「以不同指標評估生態工法溪流整治之生態效益比較-以后番仔坑溪為例」，2005國際生態工程及水利技術研討會論文集，p.193~p.203，2005。
10.朱達仁，「溪流複合式指標評估模式之建構」，特有生物研究，第八卷第ㄧ期，35-56頁，2006。11.藎壚，「實用模糊數學」，凡異出版社(凡異文化事業有限公司)，新竹市，2003。
12.U.S. Environmental Protection Agency, http://cfpub.epa.gov/ncer_abstracts/index.cfm/fuseaction/display.abstractDetail/abstract/273/report/F
13.吳富春、胡通哲、李國昇、李德旺，「應用棲地模式估算台灣河川之生態流量」，第九屆水利工程研討會論文集，C21~C29頁，1998。
14.吳富春、王琪芳，「流況及底質粒徑之改變對河川物理棲地之影響」，第11屆水利工程研討會論文集，G47~G50頁，2000。
15.Qualitative Habitat Evaluation Index, http://tycho.knowlton.ohio-state.edu/qhei.html
16.Gordon, S.I., “Come explore experience Ohio’s watersheds. City and Regional Planning Program”, School of Architecture, The Ohio State University, 2001.
17.朱達仁、汪淑慧、張睿昇、陳有祺，「一種新方法用來評價石門水庫上游集水區水質之研究」，水資源管理2005研討會論文集（光碟），水文與水質模擬主題，P95，2005。
18.Karr, J. R. and Chu. E. W., “Restoring life in running waters: better biological monitoring”, Island Press, Washington D.C,1999.
19.謝森和，「環境生物指標 - 以河流生物監測為例」，第二屆中區國民中小學教師環境教育研習會。東海大學教育學程中心、教育研究所、國立自然科學博物館主辦，2000。
20.行政院環保署網頁：http://ivy2.epa.gov.tw/out_web/monitoring/wmd/2005/internalwq.htm#a4
21.朱達仁，「臺北縣雙溪鄉后番仔坑溪應用生態工法整治影響及生態監測評估之研究」，第十四屆水利工程研討會論文集，D91-D98頁，2004。
22.郭一羽，「水域生態工程」，滄海書局，台中市，2003。
23.孫建平、曹先紹、Edwin E. Herricks，「魚類生態矩陣之建立及其於生態工程之應用」，台灣水利，第53卷，第2期，p.86~p.93，2005。
24.Karr, J. R., “Assessment of biotic integrity using fish communities”, Fisheries,Vol.6, No.6, pp.21-27, 1981.
25.Karr, J. R., “A long-neglected aspect of water resource management”, Ecological Application, Vol.1, pp.661-84, 1991.
26.朱達仁、施君翰、汪淑慧、張睿昇，「溪流環境評估常使用的量化生態指標簡介」（台灣林業期刊已接受），2006。
27.林信輝、李明儒、孫明德、黃俊仁，「生物整合指標(IBI)之應用探討」，水土保持學報，35(1)，p.81~p.96，2003。28.汪淑慧、朱達仁、施君翰、賴旻佑，「石門水庫上游湳仔溝溪流整治對水生昆蟲生態影響之研究」，農業工程研討會論文集，2004。
29.朱達仁、汪淑惠、賴旻佑、任傳民，「在自然的水棲環境發展石門水庫上游集水區水質指南」，水資源管理2005研討會，光碟，水質與水文模擬，2005。
30.郭美華、邱明智、謝易霖，「以水棲昆蟲監測雪霸國家公園武陵地區溪流水質」，台灣昆蟲，第24卷第四期，339-352頁，2004。
31.行政院環境保護署，「淡水河系生物相調查及生物指標手冊建立」，5-1頁，1998。
32.行政院環境保護署，「淡水河系污染整治對生物相群聚動態影響」， 1998。
33.林斯正，「水生大型無脊椎動物與棲地監測」，自然保育季刊，第11期，6-9頁，1995。34.李漢鏗、辛國榮，「烏溪河川水質指標機率分布」，逢甲學報，第28期，221-238頁，1995。35.徐崇斌、楊平世，「應用水棲昆蟲生物指標評估基隆河水質之研究」，中華昆蟲，第17期，152-162頁，1997。36.楊雅梅，「台灣水庫集水區水質指標與管理系統建立之研究」，國立台灣大學環境工程學研究所碩士論文，2001。37.潘俊逸，「旗山溪水棲昆蟲生態及生物指標研究」，國立高雄師範大學生物科學研究所碩士論文，2003。38.朱達仁、施君翰、徐笑情、張睿昇、陳有棋，「以水生昆蟲生物指標法評估石門水庫上游集水區水質之研究」，水資源管理2003研討會論文集，4-75~4-86頁，2004。
39.朱達仁、呂宗儒、施君翰、郭一羽，「應用生物整合指標法評估臺北縣雙溪鄉后番仔坑溪整治影響之研究」，水資源管理2003研討會論文集，第4-87~4-97頁，2004。
40.陳宜清、何宗翰，「探討以健康河川及棲地評價概念應用於野溪治理生態工法之評估」，第十四屆水利工程研討會論文集，Vol.1，D-71~D79，2004。
41.田志仁、吳承恩、黃顯宗、汪碧涵，「以水棲昆蟲為指標生物評估台北外雙溪水質」，自然保育季刊，第45期，38-46頁，2004。42.張睿昇、朱達仁、施君翰、鄭安盛，「利用藻屬指數與腐水度指數評價水質品質-以石門水庫上游集水區為例」，水資源管理2005研討會，光碟，水質與水文模擬，2005。
43.汪靜明，「生態教室-台灣溪流生態保育教材」，行政院農委會林務局，台北市，2004。
44.游進裕、賴弘智、施志昀、劉正川，「河川復育整合模式(5S model)於八掌溪河川情勢調查之研究」，2005國際生態工程及水利技術研討會論文集，Voi.2，第63~78頁，2005。
45.Verdonschot, P.F.M., J.M.C. Driessen, H.G. Mosterdijk, &J.A. Schot, “The 5-S-Model”, an integrated approach for stream rehabilitation. In: H.O. Hansen & B.L. (Eds),Madsen River Restoration ’96. European Centre for RiverRestoration, Denmark:36-44,1998.
46.陳莉、徐家盛、黃雲和、魏曉萍，「探討農水路生態品質以模糊理論方法之評估」，農業工程學報，第49卷第3期，92-105頁，2003。47.張揚祺，「模糊聚類方法於海洋環境監測資料分析之應用」，行政院國家科學委員會專題研究計畫成果報告，2003。
48.劉炳宏、魏秋建，「決策權重方法之分析比較」，永達學報，第2卷第1期，第97-113頁，2001。
49.陳國任、林雅惠、吳伯林、謝邦昌，「模糊統計分類及其在茶葉品質評定的應用」，台灣茶葉研究彙報，7，19-37頁，1998。
50.劉佳鑫，「模糊多屬性決策方法之模擬分析比較」，私立銘傳大學管理科學研究所碩士論文，2004。51.林大振，「應用模糊理論於水利灌溉設施規劃方案評選之研究」，國立雲林科技大學營建工程系碩士班碩士論文，2003。52.羅紹麟、黃有傑、「森林生態系經營之社會經濟評估模式之建立與應用-以AHP法分析指標權重」，林業研究季刊，第26卷第3期，19-32頁，2004。53.盧彥旭，「資訊系統委外選商評選準則及權重建立」，世新大學管理學院資訊管理學系碩士論文，2000。54.黃建中，「生命週期衝擊評估之客觀權重方法」，國立台灣大學環境工程學研究所博士論文，2005。55.張益誠，「應用因子分析方法為台灣地區建構永續法展趨勢評估系統」，國立台灣大學環境工程學研究所博士論文，2001。56.蔡琬英，「台灣地區社會指標建構之研究」，國立中山大學公共事務管理研究所碩士論文，2004。
57.劉怡廷，「因子水質指數模型與模糊空間水質指數建構之研究」，國立台灣大學環境工程學研究所博士論文，2004。58.林道輝、楊坤、周榮美、朱利中、沈學優，「可持續發展的定量評價與限制因子分析」，浙江大學學報(理學版)，第28卷第1期，76-81頁，2001。
59.Rankin, E. T., “The qualitative habitat evaluation index (QHEI), rationale, methods, and application”, Ohio EPA, Division of Water Quality Planning and Assessment, Ecological Assessment Section, Columbus, Ohio., 1989.
60.王漢泉，「台灣河川水質魚類指標之研究」，環境檢驗所環境調查研究年報，卷9，第207~236頁，2002。61.朱達仁、汪淑慧、徐笑情、謝宜衡，「利用魚類群聚評價石門水庫上游集水區水質之研究」，水資源管理2005 研討會論文集（光碟），水文與水質模擬主題，P99，2005。
62.Hilsenhoff, W. L., “An improved biotic index of organic stream pollution”, The Great Lakes Entomol., Vol. 20, pp. 31-39, 1987.
63.Hilsenhoff, W. L., “Rapid field assessment of organic pollution with a family-level biotic index”, J. N. Am. Benthol. Soc., Vol. 7, pp. 68-68, 1988.
64.Plafkin, J.L, et al.,”Rapid Bioassessment Protocols for Use in Streams and Rivers; Benthic Macroinvertebrates and Fish”. U.S. E.P.A., Cincinnati, OH, EPA/440/4-89/001, 1989.
65.Zelinka, M. and P. Marvan., “Zur Prazisierung der biologischen Klassifikation der Reinheit fliessender Gewasser. Arch”, Hydrobiol. 57: 387-498, 1962.
66.張堯庭、方開泰，「多元統計分析引論」，科學出版社，北京市，1999。
67.羅積玉，「多元統計分析方法與應用」，科技圖書股份有限公司，台北市，1990。
68.Kaiser, H. F., “A Second Generation Little Jiffy”, Psychometrika,35(December), 401-415 ,1970.
69.Zadeh L.A. , “Fuzzy set”, Inf. Control, 8, p338-353,1965.
70.Sanchez E. , “Resolution of composite fuzzy erlation equation”, Inf. Control, 30, p38-48,1976.
71.陳有祺、溫清光、朱達仁、張睿昇、陳筱華、周文杰，「石門水庫水質監測、水域生態環境及非點源污染之調查研究」（第二年）報告，經濟部水利署北區水資源局，2004。
72.陳有祺、溫清光、朱達仁、張睿昇、陳筱華、周文杰，「石門水庫水質監測、水域生態環境及非點源污染之調查研究」（第一年）報告；經濟部水利署北區水資源局，2003。
73.中華大學水域生態環境研究中心，「石門水庫集水區湳仔溝溪整治第一期、第二期工程」生態環境監測九十三、九十四年度期末報告，經濟部水利署北區水資源局，2005。
74.陳有棋、汪靜明、朱達仁、周文杰，「上林村后番子坑溪水域生態環境監測研究計劃」，行政院農委會水土保持局，2003。
75.朱達仁、施君翰、莊志宏、鐘廷峰、賴旻佑，「應用水生昆蟲指標法評估臺北縣雙溪鄉后番仔坑溪整治影響之研究」，第十五屆水利工程研討會論文集(下冊)，水利生態環境主題，H29-H35，2006。
76.陳順宇，「多變量分析」(四版)，華泰文化事業股份有限公司，台北市，2005