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臺灣博碩士論文加值系統

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研究生:張雅浩
研究生(外文):Ya-Hao Chang
論文名稱:DNA微矩陣資料分析與生物反應路徑視覺化的JAVA軟體工具設計與實作
論文名稱(外文):Java-based Biological Pathway Visualization Tool for DNA Microarray Data Analysis
指導教授:蔡志忠蔡志忠引用關係
指導教授(外文):Jyh-Jong Tsay
學位類別:碩士
校院名稱:國立中正大學
系所名稱:資訊工程所
學門:工程學門
學類:電資工程學類
論文種類:學術論文
論文出版年:2007
畢業學年度:95
語文別:英文
論文頁數:36
中文關鍵詞:微矩陣生物反應路徑
外文關鍵詞:microarraypathway
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由於近幾年來生物資訊新技術的大量發展,導致我們可以更快速地了解有機體的生物行為。隨著DNA微矩陣技術的問世,生物系統的基因組表現力程度則是更加快速地被了解。然而如何從微矩陣實驗結果中去發現有用的生物資訊卻是另一個複雜的問題。

在本論文中我們提供了一種新的生物路徑視覺化工具用來分析DNA微矩陣實驗結果。首先我們使用生物路徑分數估算方法來從微矩陣實驗結果中找出幾個有意義的生物路徑,之後利用數個鑑別度大的基因來對剛剛找出來的生物路徑做分群的動作,最後則是可以找出一些跟使用者輸入的實驗結果相關性高的其它實驗供使用者參考。
At recent year new techniques of bioinformatics increasingly developing lead to that we can understand more quickly organisms behaving. With the microarrays appearing, knowledge of genome-wide expression levels will speed up the understanding of biological systems. However, how to discover some useful information for biological form microarray expression data is a complex issue.

In this thesis, we design a pathway visualization tool to analyze DNA microarray expression data. First, we use the method of pathway scoring to find several significant pathways relating to DNA microarray expression data. We use the differential genes to cluster pathways. Finally, we can find which the other DNA microarray experiment possible relating to the input data of user key in.
1 Introduction 5
1.1 Pathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.2 DNA microarray . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.3 Summary of this thesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.4 Organization of this thesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2 Pathway and Microarray Databases 9
2.1 BioCarta database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.2 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes databases . . . . . 10
2.3 Gene Expression Omnibus database . . . . . . . . . . . . . . . 12
3 Pathway Scoring 16
3.1 Pathway Database Integration . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3.2 Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
4 DNA Microarray Database Ontegration 19
4.1 Data Set . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
4.2 Gene Name Transform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
4.3 Value Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
5 Application and Experiment 26
5.1 Input Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
5.2 Pathway Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
5.3 Pathway Cluster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
6 Conclusion and Future work 34
[1] M. P. KURHEKAR, S. ADAK, S. JHUNJHUNWALA, K. RAGHUPA-
THY GENOME-WIDE PATHWAY ANALYSIS AND VISUALIZATION
USING GENE EXPRESSION DATA. Pac Symp Biocomput, 2002.
[2] Marius Durr Gene Expression Profiling and Pathway Scoring. 3/31/2004.
[3] Alexander Zien, Robert K¨uuffner, Ralf Zimmer, Thomas
LengauerAnalysis of Gene Expression Data with Pathway Scores
Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 2000.
[4] BioCarta http://www.biocarta.com/
[5] KEGG http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway.html
[6] GEO http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
[7] Cheng-Chung Chou http://www.ccu.edu.tw/admbio/web/teachers/CV/ccc.htm
[8] GEO FTP site ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/
[9] NCBI FTP site ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/LocusLink/
[10] Flybase home page http://flybase.bio.indiana.edu/
QRCODE
 
 
 
 
 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
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