本論文旨在研究探討臺灣地區大陸政策運作之法制。回顧自1949年以來「臺、中、美」關係的轉變，美國從承認臺灣地區為「中國」之唯一代表，到轉而承認大陸地區，並以國內法之形式規範及處理與臺灣地區之政治關係，這樣的過程，可以看出美國在「兩岸主權問題」上的轉變已涉及相當複雜的國際政治因素。兩岸關係的決策都必須顧及內部的需求與外部的制約。臺灣地區是不是一個主權國家？在1971 年以前並不是問題，但在國際社會所認同之「一個中國」不再確定是臺灣地區後，其是不是一個主權國家的問題，卻成了一個法理上與政治性的爭議。
1999年7月臺灣地區前總統李登輝在其總統任內接受媒體「德國之聲」訪問時，提出了兩岸關係是「特殊的國與國關係」，因而引起國內與國際上不同的反應；無論從法律、歷史或現實狀況而言，兩岸關係確實為兩個不互相隸屬的國家。此論對於主權問題與兩岸定位的觀點，揚棄了過去中華民國方面所堅持，但不同於大陸地區的「一個中國」原則；大陸地區政府認為阻礙了「祖國」統一進程，並單方面宣稱兩岸間交流、協商的基礎已不復存在，致兩岸官方交流進入停滯期。
2000年臺灣地區總統大選民進黨籍陳水扁贏得執政權，臺灣首次出現政黨輪替，其當選總統的陳水扁在選前亦支持「特殊的國與國關係」論的觀點，並主張儘快修憲及修改國家統一綱領，但其就任總統後，在主權問題的主張上並無體現與兩岸關係影響的層面。因此從「特殊國與國關係」論提出後至2007年間的發展過程裡，是兩岸主權立場衝突過程中的一縮影。事實上，臺灣地區在主權立場的論述上，不但受到大陸地區的打壓，從國際現實主義環境的層面而言，更凸顯中華民國在主權主張上的困境。隨著大陸地區在國際上地位逐漸上昇，其在解決「臺灣問題」的姿態上，似乎也有提高的意味。
另臺灣地區2004年陳水扁總統尋求第2次大選勝利後，兩岸關係的發展存在很多風險。兩岸政府都必須面對及提出解決兩岸目前存在的一些結構性問題與缺陷，才能跳脫出兩岸關係對抗與惡性循環的邏輯，逐步而務實地建立和平穩定的兩岸互動架構。因此如果兩岸試圖以「經濟整合」來擱置或解決「國家主權爭議」雖然立意方向良善，但卻是本末倒置的做法。2008年要落實憲政改革，要以「公投制憲」，已經造成大陸地區的高度緊張與猜忌，引起其社會強烈的民族主義情緒，且鷹派勢力抬頭，對臺政策也形成了制約，不利其做出和緩兩岸關係的對臺政策。再者，2007年底又逢臺灣地區立法院選舉，類似刺激兩岸的不確定因素增加、政治格局有可能產生變化，大陸地區政府亦不可能在此之前做出重大的政策變更。在上述環境氛圍下，兩岸關係似乎須到2008年後，或者要等到臺灣地區憲改更明朗化之後，才有可能逐步邁向新的互動與對談模式。故假設兩岸在現行憲法前提下，看兩岸應如何主張自己主權於兩岸關係關係的發展，對兩岸最有利，並擬出臺灣應有之對策，乃成為探究臺灣地區大陸政策之必須。
誠如留學日本法學博士鄧學良教授認為：行政法五大架構是以放大鏡檢視問題。本文係以體現行政法制是一個民主法治國家的一個重要基礎，筆者以行政法五大架構為分析途徑，對臺灣地區大陸政策運作法制進行研究，自第二章「法制基本原理」作為研究起點，從建制背景、國際主義、法治主義等層面探討兩岸主權問題性質與所屬。第三章主要討論臺灣地區大陸政策運作的中央與中介團體架構規劃，以「組織層級架構」、「人員」、「經費」作為論述基礎。第四章在探究其「權限設計及運用」情形，包括行政調查、行政計畫、行政立法、行政處分、行政契約、行政指導、即時強制及行政上履行義務確保之手段等運作模式及程序。第五章探討「行政救濟」，如訴願、行政訴訟、國家賠償、憲法解釋及公民投票等。第六章則分析其「監察」，如內、外控監察機制等。以探究３個目的：
一、對兩岸主權爭議源起，運用國際法與國際政治的相關法理，探究兩岸主權問題性質與所屬。
二、探究兩岸主權內在衝突的議題，對臺灣地區大陸政策之運作影響。
三、以「行政法五大架構」檢視兩岸主權衝突的問題，尤其於2000年臺灣地區政黨輪替後大陸政策之運作法制是否完善，並且嘗試就其制度運作中有所發現與心得，進而提供後續研究者參考

第一章 緒論 ---------------------------------9
第一節 研究動機與研究目的------------------9
第一項 研究動機---------------------------9
第二項 研究目的---------------------------13
第二節 研究範圍與方法----------------------15
第一項 研究範圍---------------------------15
第二項 研究方法---------------------------16
第三節 研究架構-----------------------------17
第四節 研究限制-----------------------------19
第五節 相關名詞解釋-------------------------20

第二章 臺灣地區大陸政策法制之基本原理---------------21
第一節 臺灣地區大陸政策之建制背景------------------21
第一項 臺灣地區大陸政策之社會面------------------21
第二項 臺灣地區大陸政策之經濟面------------------37
第三項 臺灣地區大陸政策之政治面------------------45
第四項 臺灣地區大陸政策之法制面------------------59
第二節 臺灣地區大陸政策之國際主義------------------64
第三節 臺灣地區大陸政策之法治主義------------------72
第一項 法治國原則 ---------------------------------------72
第二項 依法行政3原則-----------------------------------73
第三項 程序正義7原則------------------------------------78
第四節 臺灣地區大陸政策之利害關係人---------------8 4
第五節 本章小結----------------------------------------------87

第三章 臺灣地區大陸政策法制之行政組織---------------89
第一節 臺灣地區大陸政策行政組織之基本概說-----89
第一項 臺灣地區大陸政策行政組織法概念--------89
第二項 臺灣地區大陸政策行政組織之範圍--------89
第二節 臺灣地區大陸政策之行政組織------------------91
第一項 臺灣地區大陸政策之行政組織概說---------91
第二項 臺灣地區大陸政策之行政組織型態與行
政主體概念-----------------------------------------91
第三項 臺灣地區大陸政策之行政組織種類---------91
第三節 臺灣地區大陸政策之中央行政組織------------95
第一項 概說---------------------------------------------------95
第二項 臺灣地區大陸政策之中央行政組織架構---95
第三項 臺灣地區大陸政策之中介團體組織架構---97
第四節 臺灣地區大陸政策之行政組織經費問題-----98
第一項 臺灣地區大陸政策之中央與中介團體的
關係---------------------------------------------------99
第二項 臺灣地區大陸政策之中央與中介團體的
財政權------------------------------------------------99
第三項 臺灣地區大陸政策之中央與中介團體的
法源---------------------------------------------------102
第五節 臺灣地區大陸政策之中央與中介團體的人
員體制--------------------------------------------------105
第一項 臺灣地區大陸政策之中央與中介團體的
人員教育訓練---------------------------------------105
第二項 臺灣地區大陸政策之中央與中介團體的
人員權利義務--------------------------------------106
第六節 本章小結------------------------------109

第四章 臺灣地區大陸政策之行政權限設計與運用---113
第一節 臺灣地區大陸政策之行政權限概說-------113
第二節 臺灣地區大陸政策之行政計畫-----------122
第三節 臺灣地區大陸政策之行政立法-----------127
第四節 臺灣地區大陸政策之行政處分-----------130
第五節 臺灣地區大陸政策之行政調查-----------134
第六節 臺灣地區大陸政策之即時強制-----------136
第七節 臺灣地區大陸政策之行政契約-----------140
第八節 臺灣地區大陸政策之行政指導-----------143
第九節 臺灣地區大陸政策之確保行政義務履行
手段-----------------------------------------------------149
第十節 臺灣地區大陸政策之行政程序------------------153
第十一節 本章小結---------------------------155

第五章 臺灣地區大陸政策之行政救濟-------------167
第一節 臺灣地區大陸政策行政救之濟意義與種
類-----------------------------------167
第二節 臺灣地區大陸政策之政府補償-----------168
第一項 政府賠償---------------------------168
第二項 救濟途徑---------------------------169
第三項 政府補償---------------------------171
第三節 臺灣地區大陸政策之行政訴訟-----------174
第一項 訴願-------------------------------174
第二項 行政訴訟與訴願之關係---------------175
第四節 憲法法令解釋-------------------------178
第五節 公民投票-----------------------------183
第一項 公民投票之意涵---------------------183
第二項 制定公民投票法之原則---------------184
第三項 臺灣地區公民投票法之內容-----------188
第六節 本章小節-----------------------------191

第六章 臺灣地區大陸政策之行政監察-------------200
第一節 行政監察之意涵-----------------------200
第二節 臺灣地區大陸政策之內控監督機制-------202
第一項 臺灣地區大陸政策之內控機制概說------202
第三節 臺灣地區大陸政策之外控機制-----------205
第一項 臺灣地區大陸政策之外控機制概說-----205
第四節 本章小結-----------------------------213

第七章 結論與建議 ----------------------------221
第一節 結論 --------------------------------221
第二節 建議 ---------------------------------234
參考書目---------------------------------------238
附錄一第二共和憲法草案-------------------------241

一、臺灣地區
（一）中文專書籍
1.丘宏達，「現代國際法」，台北：三民，2005 年1 0 月初版7刷。
2.田麗虹，「兩岸關係的決策分析」，台北：新文京開發出版有限公司，初版，2003 年。
3.石之瑜，「兩岸關係概論」，台北：揚智文化事業股份有限公司，1998 年。
4.石之瑜，「創意的兩岸關係」，台北：揚智文化事業股份有限公司，1997 年。
5.吳定，「組織發展理論與技術」，台北：天一圖書，3 版，1994 年10 月。
6.吳庚，「行政法之理論與實用」，台北：三民書局，增訂9 版2 刷，2005 年10 月。
7.吳庚，「行政爭訟法論」，修訂版，1999 年5 月。
8.吳建德，「中國威脅論」，台北：五南圖書出版有限公司，1996年。
9. 李惠宗，「憲法要義」，月旦出版公司，2001年。
10.李惠宗，「行政法入門」，月旦出版公司，1998年。
11.李登輝，「臺灣新憲法」，台北：財團法人群策會，2005年。
12.李震山，「行政法導論」，台北：三民書局，修訂5 版2 刷，2005 年1 月。
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14.城仲模，「行政法之基礎理論」，三民書局，1994年10月。
15.翁岳生編，「行政法冊上下」，2 版，2000年3 月。
16.高坤輝，「陸女假婚賣淫防治法制之研究」，中山大學大陸研究所碩士論文，2005 年。
17.張亞中，「中國大陸與兩岸關係概論」，台北：揚智文化事業股份有限公司，2000 年。
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19.張亞中，「兩岸主權論」，台北：生智，1 9 9 6 年。
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（二）中文期刊
1.吳志光，「我國憲法之基本價值決定」，輔仁大學法律系憲法講義，2004年。
2.最高行政法院裁判要旨彙編 第 25 輯 .2005年 05 月。
3.鄧學良，「中國大陸政府與行政法制」，國立中山大學大陸研究所國際勞資政策研究中心，2003年。
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5.中國時報 網 http://news.chinatimes.com/
6.中國網 http://big5.china.com.cn/
7.中華民國行政院大陸委員會網 http://www.mac.gov.tw/
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11.全法規資料庫 http://law.moj.gov.tw
12.自由時報網 http://www.libertytimes.com.tw/
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16.邵宗海，憲已可達成法理台獨﹖不涉主權、領土、統獨憲改的背後 明報月刊 http://www.mingpaomonthly.com
17.陳怡如，憲法專業頻道 　http://www.chinesefreewebs.com/jyfd/ 2006年12月 30日
18.曾巨威，「現階段政府財政面臨之問題與可能衍生之影響」，財團法人國家政策研究基金會，國政研究報告，http://www.npf.org.tw/，2005 年7 月23 日。
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20.黃偉峰 以整合取代一中 2004年5月25日中國時報http://www.taconet.com.tw/daphnetaco/News59.htm
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二、大陸地區
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2.門洪華，「構建中國大戰略的框架：國家實力、戰略觀念與國際制度」，北京：北京大學出版社，2005年2月。
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