中文摘要 I
英文摘要(Abstract) III
謝誌 IV
目錄 V
表目錄 VII
圖目錄 VIII
第一章 序論 1
1.1 蛋白質體學(Proteomics) 1
1.1.1 蛋白質體學的定義 1
1.1.2 以質量為基礎之蛋白質鑑定(MS-based protein identification) 2
1.2 醣質體學(Glycomics) 4
1.2.1 前言 4
1.2.2 醣基的類型(Types of glycans) 5
1.2.3 醣基結構的鑑定(Structural determination of glycans) 6
1.2.4 分析醣基的挑戰性(Challenges in analyzing glycans) 7
1.2.5 醣化(glycosylation)位置測定的傳統方法 7
1.2.6 以串聯式質譜儀分析醣胜肽(glycopeptides) 8
1.3 生物相似藥物(Biosimilar)的發展 9
第二章 材料與實驗方法 26
2.1 樣品資訊 26
2.2 實驗藥品與試劑 26
2.3 實驗方法 27
2.3.1 酵素消化(Enzymatic Digestion)鑑定其一級結構 27
2.3.1.1 酵素消化之實驗流程 27
2.3.1.2 胜肽序列之鑑定(Peptide Assignment) 27
2.3.2 雙硫鍵的連接 28
2.3.2.1 非還原酵素消化之實驗流程 28
2.3.2.2 雙硫鍵連接的鑑定(Assignment of disulfide linkage) 28
2.3.3 N-醣基化的位置測定(N-Glycosylation site identification) 29
2.3.3.1 利用切醣酵素去醣基之實驗流程 29
2.3.3.2 N-醣基化位置之鑑定 29
2.3.4 N-醣基結構的鑑定(N-Glycan structure identification) 29
2.3.5 奈流液相層析質譜儀(Nano-LC-MS/MS) 31
第三章 結果與討論 33
3.1 一級結構序列之鑑定(Primary structure characterization) 33
3.1.1 胜肽圖譜(Peptide mapping) 鑑定其一級結構序列 33
3.1.2 胺基酸變異(Amino acid variants) 35
3.2 雙硫鍵分析(Disulfide analysis) 36
3.3 N-醣基化位址之鑑定與其醣基結構的分析 38
3.4 胺基酸修飾(Amino acid modifications) 40
3.4.1 環化(Pyro-E) 40
3.4.2 賴胺酸的消去(K-clipping) 41
3.4.3 天冬醯胺的去胺化(Asparagine deamidation) 42
3.4.4 甲硫胺酸的氧化(Methionine Oxidation) 42
3.5 定量比較(Quantitative comparison) 43
第四章 結論 45
參考文獻 95
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