本研究主要分為三個部份，分別是中國共產黨台灣省工作委員會的組織架構、中國共產黨台灣省工作委員會的組織運作以及從實證法與自然法的角度反思中華民國政府鎮壓中國共產黨台灣省工作委員會的過程是否符合公平與正義。
在第一部分主要首先以歷史時間脈絡來分別區隔出曾經出現在台灣的共產黨組織，以及界定其領導的單位與正式的名稱為何。接著以「破獲共匪台灣省工作委員會組織發展沿革表」為組織重建的藍圖，解析當中各時期各個組織支部之間的關係網絡。然後以《歷年辦理匪案彙編》中的判決書內容，對於各個支部組織分別重新彙整出台灣省工作委員會的組織關係網絡，並且與沿革表的組織關係網絡進行比對並加以彙整。之後再以財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會所委託研究的《威權時期政治案件受難者訪談計畫》與國家人權紀念館籌備處出版的《白色封印》之口述歷史內容，加上國史館所出版的《戰後台灣政治案件史料彙編》以及情治單位石牌訓練班所研究的《共匪特工的作法》等書所發現的相關組織單位，驗證組織關係網絡的正確性與補足組織架構與關係網絡不足的地方。
第二部份則以工作性質、發展階段以及各個工作委員會的工作方針等三個面向探討台灣省工作委員會的運作方式與組織工作目標，透過《共匪特工的作法》、《歷年辦理匪案彙編》以及《民主革命時期中國共產黨指導台灣革命研究》等文獻資料，來分析台灣省工作委員會的運作發展。並針對台灣省工作委員會當年的環境情勢，分別探究海峽兩岸之間是有哪些差異，使得中國共產黨在中國大陸能夠獲得勝利，而在台灣卻慘遭失敗，在這當中存在了哪些因素因而造成了兩種不同的結果。
第三部份則分別以自然法與實證法之法理原則，對過去的政治案件進行一個批判與反思。藉由過去的政治案件來省思當中是否有違反公平正義與需要改進的地方。並且期望藉由這些歷史教訓來展望台灣未來的人權發展。

第一章 導論 1
第一節 研究動機 1
第二節 研究目的 2
第三節 研究方法 3
第四節 文獻回顧 4
第五節 預期成果與研究限制 10
第六節 研究流程與架構 11

第二章 中國共產黨台灣省工作委員會的組織結構 13
第一節 歷年來出現在台灣的共產黨組織 13
第二節 「沿革表」中的台灣省工作委員會組織結構 16
第三節《匪案彙編》中的台灣省工作委員會組織結構 30
第四節 口述歷史中的台灣省工作委員會組織結構 50
第五節 其它相關專書中的台灣省工作委員會組織結構 59

第三章 中國共產黨台灣省工作委員會的組織運作與衰亡 79
第一節 中國共產黨台灣省工作委員會的運作 80
第二節 省工委組織任務失敗之原因 89

第四章 對省工委案件的省思與批判 97

第五章 結論 109

參考資料 114

附錄 117

表 圖 目 次
圖2-1 省工委初期組織關係網絡 17
圖2-2 省工委中期組織關係網絡 19
圖2-3 台灣省工作委員會末期組織關係網絡(一) 21
圖2-4 學生工作委員會末期組織關係網絡(一) 21
圖2-5 郵電工作委員會末期組織關係網絡(一) 22
圖2-6 山地工作委員會末期組織關係網絡(一) 22
圖2-7 台北地區工作委員會末期組織關係網絡(一) 24
圖2-8 新竹地區工作委員會末期組織關係網絡(一) 25
圖2-9 台中地區工作委員會末期組織關係網絡(一) 26
圖2-10 台南地區工作委員會末期組織關係網絡(一) 28
圖2-11 高雄地區工作委員會末期組織關係網絡(一 )29
圖2-12 學生工作委員會末期組織關係網絡(二) 31
圖2-13 台北地區工作委員會末期組織關係網絡(二) 34
圖2-14 新竹地區工作委員會末期組織關係網絡(二) 38
圖2-15 台中地區工作委員會末期組織關係網絡(二) 42
圖2-16 台南地區工作委員會末期組織關係網絡(二) 45
圖2-17 高雄地區工作委員會末期組織關係網絡(二) 46
圖2-18 台灣省工作委員會末期組織關係網絡(二) 49
圖2-19 台北地區工作委員會末期組織關係網絡(三) 55
圖2-20 台中地區工作委員會末期組織關係網絡(三) 56
圖2-21 台南地區工作委員會末期組織關係網絡(三) 57
圖2-22 學生工作委員會末期組織關係網絡(三) 58
圖2-23 李水井呈報之人員聯絡組織系統表 60
圖2-24 楊廷椅呈報之組織關係表 62
圖2-25 陳水木呈報之組織關係表 63
圖2-26 王超倫呈報之台大工學院支部組織系統表 63
圖2-27 張坤修呈報之組織關係表 64
圖2-28 鄭澤雄呈報之組織關係表 64
圖2-29 陳金目之組織關係表 65
圖2-30 李水井(學委)領導系統工作表 66
圖2-31 李水井所呈報之領導關係網絡與本文彙整之省工委組織關係網絡 68
圖2-32 台北地區工作委員會末期組織關係網絡(四) 69
圖2-33 山地工作委員會末期組織關係網絡(二 )71
圖2-34 台灣省工作委員會末期組織關係網絡(三) 75
圖3-1 重整後台灣省工作委員會組織關係網絡 95
表2-1 《共匪特工的作法》組織統計數據與本文重新彙整的省工委組織網絡之比較 73

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