近年來隨著沿海環境的開發以及漁業技術的進步，導致海洋生物多樣性和漁業資源快速減少，各國開始重視海洋環境的保育，其中以劃設海洋保護區為保護海洋環境最簡單而有效的方法之一。現階段全世界對於海洋保護區之相關研究相當的廣泛，台灣方面目前也漸漸的開始重視海洋保護區的發展，然而過去台灣有關於海洋保護區文獻大多著重於政策與管理上，對於實質劃設方法並無太多著墨，本研究運用地理資訊系統（Geographic Information System, GIS）模擬劃設概念，藉由國內外相關文獻之探討進行劃設準則之設定，並以國內外相關保護區概念作為劃設基礎，透過空間分析技術提供台灣海洋保護區區劃之架構。本研究以宜蘭龜山島及週邊海域為研究基地，由於龜山島得天獨厚的地理環境位置造就其劃設成海洋保護區之潛力。研究提出以「熱泉資源」、「鯨豚資源」及「漁業資源」作為宜蘭龜山島主要之保護標的，分別對於不同保護標的進行分析，透過海域空間分析，模擬可能劃設之保護區域及季節性區域保護機制，研究同時搭配宜蘭海域現有之保護區，提出相關管理機制之建議。研究由海域空間模擬成果發現，運用地理資訊系統輔助海洋保護區之劃設應為可行之架構，未來若搭配更詳盡的數據與方法將能進行更深入之探討。利用圖像方式呈現海洋保護區區劃之過程，可強化各權益關係人（Stakeholder） 對海洋保護區之瞭解認知，提供彼此間溝通管道，進而減少衝突與爭議，達到成功劃設海洋保護區之目的。

With the rapid development of the coastal environment and advances in fishing technology, marine biodiversity and fishery resources are decreasing dramatically. Therefore, each state is now focusing on conserving the marine environment. Planning Marine Protected Areas is one of the simplest and most efficient ways to do this. In recent years, researches have been conducted on Marine Protected Areas around the world. The government and academic fields in Taiwan also has started to value its surrounding marine environment. However, literature on the Marine Protected Areas in Taiwan has focused on policy and management, not so much on planning and zoning strategies. Therefore, this study uses the Geographic Information System (GIS) to simulate the planning and zoning process. This research set principles and zoning framework for Marine Protected Areas in Taiwan based on case studies and spatial analysis techniques. This study uses Gueishan Island in Yilan County as case study since the unique geographical environment of Gueishan Island provides potentiality to set Marine Protected Areas. In this study, it is suggested that "hot spring resources", "cetacean resources", and "fisheries resources" are the main protected objectives. The zoning strategies, management guidelines and recommendations are provided in this study based on these three protected objectives. According to the GIS simulation process, using the spatial analysis techniques is one of the possible efficient methodologies to plan and zone the Marine Protected Areas. With supplementary data and information, the results can be discussed more specifically in the further study. In addition, techniques of visualization during the MPAs zoning process can be a easier way for various stakeholders to understand, and to strengthen mutual communication, thereby reducing disputes to create successful Marine Protected Areas.

誌謝 i
摘要 ii
ABSTRACT iii
第一章 緒論 1
1.1研究動機 1
1.2研究目的 1
1.3研究方法 3
1.3.1文獻探究法 3
1.3.2個案研究法 3
1.3.3空間分析法 3
1.4研究範圍 4
1.5研究架構及流程 5
第二章 海洋保護區之相關研究與理論 7
2.1海洋保護區之發展 7
2.2海洋保護區之定義 11
2.3海洋保護區之分類 14
2.4海洋保護區之理論演進 19
2.4.1島嶼生態學理論 19
2.4.2最大持續生產量 20
2.4.3基於生態系統的管理模式 22
2.5海洋保護區之選址及劃設準則 23
2.6海洋保護區網絡與系統 25
2.7台灣之海洋保護區 27
第三章 海洋保護區之案例分析 33
3.1加拿大海洋保護區 33
3.1.1加拿大海洋保護區制度 33
3.1.2 Gully海洋保護區（Gully Marine Protected Area） 36
3.1.3 Endeavour熱泉噴口海洋保護區（Endeavour Hydrothermal Vents Marine Protected Area） 39
3.2美國海洋保護區 43
3.2.1美國海洋保護區制度 43
3.2.2 Papahānaumokuākea海洋國家紀念區（Papahānaumokuākea Marine National Monument） 49
3.3澳大利亞海洋保護區 51
3.2.2大堡礁海洋公園（Great Barrier Reef Marine Park） 54
3.4中國海洋保護區 59
3.4.1中國海洋保護區制度 59
3.4.2珠江口中華白海豚自然保護區 65
3-5台灣海洋保護區之現況 69
3.5.1台灣海洋保護區 69
3.5.2東沙環礁國家公園 71
3.5.3澎湖青灣 76
3.5.4墾丁後壁湖 79
3-6國內外案例之探討 82
第四章 龜山島環境分析 85
4.1龜山島之地理及發展沿革 85
4.1.2發展沿革 87
4.2龜山島陸域及周遭海域生態資源 90
4.2.1龜山島陸域環境 90
4.2.2龜山島周遭海域環境 91
4.3龜山島海底熱泉之資源分析 94
4.4龜山島海域之鯨豚資源 96
4.5龜山島之遊憩資源 100
4.6龜山島相關法規 103
第五章 龜山島海洋保護區之劃設 107
5.1龜山島海洋保護區規劃架構 107
5.1.1保護標的設定 107
5.1.2資料蒐集 108
5.2熱泉保護區 109
5.2.1劃設準則 109
5.2.2區劃方法及流程 109
5.2.3管理機制 113
5.3鯨豚保育區 113
5.3.1劃設準則 113
5.3.2區劃方法及流程 114
5.3.3管理機制 114
5.3.4鯨豚出沒之熱點分析 114
5.4漁業資源保護區 115
5.4.1劃設準則 115
5.4.2區劃方法及流程 116
5.4.3管理機制 122
5.5現有漁業相關保護區 123
5.6綜合成果 124
5.6.1成果圖 124
5.6.2重疊範圍 127
5.6.3相關管理機制 127
第六章 結論與建議 129
6.1結論 129
6.2建議 131
參考文獻 135
附錄1 美國國家海洋保護區系統表 I
附錄2 龜山島生態旅遊申請須知 X
附錄3 龜山島生態旅遊作業管理要點 XIV
附錄4 Endeavour熱泉噴口海洋保護區規範 XIX
附錄5 賞鯨活動相關限制建議 XXII
附錄6 鯨豚出沒位置資料 XXIV
附錄7 浮游生物豐度資料 XXVII
附錄8 硬尾、白帶魚和鯖之仔稚魚歧異度資料 XXX

中文部份
丁國桓（2004）。台灣漁業劃設海洋保護區之策略。基隆：國立台灣海洋大學環境生物與漁業科學學系研究所。
中央社（2003）。海生館澄清烏龜怪方蟹並非煮不熟。台灣立報。
中國國家質量技術監督局（1998）。海洋自然保護區類型與級別劃分原則。中國：中國標準出版社。
中華民國自然生態保育協會（2000）。重返龜山島。台北：中華民國自然生態保育協會。
中華民國自然生態保育協會（2005）。第一屆國際海洋保護區大會。國際保育通訊季刊，13（4），頁1-3。
中華民國自然生態保育協會（2007）。世界保護區分類系統的新方向。國際保育通訊季刊，15（2），頁7-8。
中華民國自然生態保育協會（2009）。保護海洋具有經濟效益。國際保育通訊季刊，17（2），頁3-4。
方新疇（1995）。漁業生物學上常用的專有名詞之定義。漁業推廣工作專刊，12，頁11-21。
王崧興（1967）。龜山島-漢人漁村社會之研究。台北：中央研究院民族學研究所。
行政院研究發展考核委員會（2001）。海洋白皮書。台北：行政院研究發展考核委員會。
行政院國家永續發展委員會（2009）。永續發展政策綱領。台北：行政院國家永續發展委員會。
行政院海洋事務推動委員會（2006）。海洋政策白皮書。台北：行政院研究發展考核委員會。
吳永華（2002）。龜山島生態情報。台北：晨星。
李培芬（2006）。東沙環礁國家公園生態解說手册。台北：內政部營建署。
李晨光（2008）。區域計畫與海岸保護及海洋資源管理。台北：內政部營建署市鄉規劃局。
李玲玲、趙榮台（2005）。台灣現有保護區之分類檢討與管理現況分析。 台北：行政院農業委員會林務局。
周蓮香（2006）。台灣鯨豚資源永續發展與地區社經活化之研究－總計畫暨子計畫一：台灣東海岸賞鯨對鯨豚資源與行為生態衝擊之研究（I）（國科會計畫編號：NSC94-2621-Z-002-030）。台北：國立臺灣大學生態學與演化生物學研究所。
周蓮香（2007）。台灣鯨豚資源永續發展與地區社經活化之研究－總計畫暨子計畫一：台灣東海岸賞鯨對鯨豚資源與行為生態衝擊之研究（II）（國科會計畫編號：NSC 95-2621-Z-002-021）。台北：國立臺灣大學生態學與演化生物學研究所。
尚淑婷（2010）。台灣溼地公益信託管理模式之研究-以嘉義鰲鼓溼地為例。高雄：國立中山大學海洋環境及工程學系研究所。
林佩蓉（2007）。南台灣海洋保護區之研究。高雄：國立中山大學海洋事務研究所。
林枝興（2000）。宜蘭縣沿近海漁業永續發展之研究。基隆：國立台灣海洋大學環境生物與漁業科學學系研究所。
林憲德（2005）。城鄉生態。台北：詹氏。
邵廣昭（1997）。宜蘭縣魚類資源。宜蘭：宜蘭縣政府。
邵廣昭（1999）。彭佳嶼群島與龜山島之魚相調查（未出版）。引用自：黃將修、李昭興（2003）。龜山島環島海洋生物與海底熱泉觀光資源調查規劃期末調查報告。台北：交通部觀光局東北角海岸國家風景區管理處。
邵廣昭（2000a）。海洋資源與海洋保護區（上）。水產種苗月刊，30。
邵廣昭（2000b）。海洋資源與海洋保護區（下）。水產種苗月刊，31。
邵廣昭（2004a）。海洋保護區在漁業資源永續利用方面的國際趨勢。國際農業科技新知，23。
邵廣昭 （2004b)。生態系管理方法概念。重要國際漁業議題發展趨勢分析座談會實錄集。頁3-14。
邵廣昭、邱文彥、歐慶賢、謝蕙蓮（2003）。海洋保護區系統之建立及其經營管理策略之研究。台北：行政院農委會漁業署。
邱文彥（1998）。海洋保護區規劃與管理制度之研究（國科會計畫編號：NSC 87-2621-P-110-007）。高雄：國立中山大學海洋環境及工程學系。
邱文彥（1999）。海洋資源永續利用及生態觀光之發展。海洋與水土資源永續經營研討會，頁1-18。
邱文彥（2000a）。建立台灣的海洋保護區：法規與制度觀點。第二屆國際海洋大氣會議，頁354-359。
邱文彥（2000b）。海岸管理：理論與實務。台北：五南。
邱文彥（2000c）。永續台灣、海洋國家-開創二十一世紀海洋管理的新紀元。研考雙月刊， 24（6），頁29-36。
邱文彥（2001）。海洋環境保護：全球思考、在地行動。海域安全研討會，頁129-152。
邱文彥（2006）。台灣鯨豚資源永續發展與地區社經活化之研究 ：子計畫五－賞鯨永續發展之法制、管理與公私協力策略研究（I）（國科會計畫編號：NSC94-2621-Z-019-005）。基隆：國立臺灣海洋大學海洋事務與資源管理研究所。
邱文彥（2007）。台灣鯨豚資源永續發展與地區社經活化之研究 ：子計畫五－賞鯨永續發展之法制、管理與公私協力策略研究（II）（國科會計畫編號：NSC 95-2621-Z-019-001）。基隆：國立臺灣海洋大學海洋事務與資源管理研究所。
施義哲（2001）。我國海洋保護區政策─其必要性與加拿大海洋法相關規定之比較研究。高雄：國立中山大學海洋環境及工程學系研究所。
洪莉雯（2008）。探討宜蘭龜山島海域劃設海洋保護區之可行性研究。基隆：國立台灣海洋大學海洋事務與資源管理研究所。
海洋國家公園管理處（2009）。認識東沙。高雄：海洋國家公園管理處。
能勢幸雄、石井丈夫、清水誠（1990）。水產資源學（黃士宗、郭慶老 譯）。台北：中國水產協會。
國立台灣大學生物多樣性研究中心（2003）。台灣的自然資源與生態資料庫。台北：行政院農委會林務局。
國立海洋生物博物館（2003）。龜山島龜首潭與龜尾湖水域生物群聚生態資源調查規劃報告。台北：交通部觀光局東北角海岸國家風景區管理處。
張水源（2001）。台灣東北部海域漁業資源合理利用規劃之研究。基隆：國立台灣海洋大學環境生物與漁業科學學系研究所。
張紹勳（2008）。研究方法：理論與統計。台中：滄海。
郭富雯（2001）。龜山島海底熱液活動初步調查。高雄：國立中山大學海洋地質及化學研究所。
郭富雯、陳鎮東、杜悅元、楊燦堯（2000）。世界罕見的淺層海底熱泉煙囪在台灣-龜山島海底熱泉。海洋科學通訊，5，頁24-25。
陳于高、吳文雄、劉文雄、陳正宏（1998）。全新世之火山島-龜山島。中國地質學會年會論文集，頁104-105。
陳欣榮（1996）。建立我國海洋保護區體系之初步研究。高雄：國立中山大學海洋環境及工程學系研究所。
陳俊德（2008）。以空間分析模式劃設海洋、海岸保護區之研究-以高美濕地為例。高雄：國立中山大學海洋環境及工程學系研究所。
陳鎮東（2004）。龜山島海底熱泉之熱液活動及環境生態之研究報告。台北：台灣電力公司。
傑克、克雷格（2008）。海洋自然保護區（馬志華 譯）。中國：海軍。
黃弘祺（2007）。國土空間規劃中海域範圍及功能區劃之研究。高雄：國立中山大學海洋環境及工程學系研究所。
黃玲珠（2004）。龜山島開發之研究。台南：國立成功大學歷史研究所，台南。
黃將修、李昭興（2003a）。龜山島環島海洋生物與海底熱泉觀光資源調查規劃期末調查報告。台北：交通部觀光局東北角海岸國家風景區管理處。
黃將修、李昭興（2003b）。悠游龜山島：神秘的海底世界。台北：東北角海岸風景管理處。
黃慧仙（2002）。專屬經濟海域內之生物資源養護與管理之研究。基隆：國立臺灣海洋大學海洋法律研究所。
葛拉佛、厄爾勒、格羅希爾（2008）。挑戰海洋盡頭-行動議程 （王惟芬 譯）。台北：五南。
董天傑（2006）。臺灣國家公園政策之政經分析，1949-2006。台北：國立臺灣大學政治學系。
趙世民（2004a）。深海熱泉生物圈（一）。國立自然科學博物館館訊，200（6）。
趙世民（2004b）。深海熱泉生物圈（二）。國立自然科學博物館館訊，201（5）。
齊心、黃玉冰、戴佑達、吳宜穎、劉人瑋（2003）。由國內生物多樣性論文談生物多樣性研究。生態系經營-永久樣區理論與實務探討研討會，頁335-360。
劉洪濱（2007）。海洋保護區：概念與應用。中國：海洋。
劉淑玲（2003）。海洋保護區劃設之衝突管理與公私夥伴關係之研究-以澎湖縣青灣內灣海域為例。高雄：國立中山大學公共事務管理研究所。
潘佳怡（2007）。台灣龜山島周邊海域仔魚群聚結構之時空變化。基隆：國立台灣海洋大學環境生物與漁業科學學系研究所。
蔣國平（2005）。龜山島週邊海域生物多樣性之研究。台北：行政院農委會漁業署。
鄭明修（2006）。龜山島淺海熱泉噴口硫磺怪方蟹群聚結構與生態適應之研究。台北：中央研究院生物多樣性研究中心。
鄭靜琪（2005）。專吃海洋「飄雪」的怪方蟹。科學人雜誌，36。
鄧國琳（2006）。臺灣新奇-怪方蟹食在大驚奇。EZDIVE潛水客國際中文版，2。
戴秀玲（2006）。宜蘭魚資源。宜蘭：宜蘭縣立蘭陽博物館。
簡連貴、邱文彥、曾文謙、張志新、許智翔、陳繼鳴（2009）。台灣海域功能區劃與管理策略。海洋與台灣永續發展II：海洋產業與科技創新（頁147-198）。 台北：財團法人台灣研究基金會。

英文部份
Canada’s Oceans Act (1997).
Executive Order 13158 (2000).
ANZECC (1998). Guidelines for establishing the national representative system of marine protected areas. Australia: Environment Australia for the Australian and New Zealand Environment and Conservation Council.
Baker, J. L. (2000). Guide to marine protected areas. Adelaide, S. Aust.: Department for Environment and Heritage.
Dramstad, Wenche E., Olson, James D., Forman, Richard T. T. (1996). Landscape ecology principles in landscape architecture and land-use planning. Washington, DC, Harvard University Graduate School of Design ; Island Press ; American Society of Landscape Architects.
Dudley, N. (2008). Guidelines for applying protected area management categories. Gland, Switzerland: IUCN.
Fernandes, L., Day, J., Lewis, A., Slegers, S., Kerrigan, B., Breen, D., et al. (2005). Establishing representative no-take areas in the Great Barrier Reef: Large-scale implementation of theory on marine protected areas. [Article]. Conservation Biology, 19(6), 1733-1744.
Fisheries and Oceans Canada (1999). National framework for establishing and managing marine protected areas : a working document. [Ottawa]: Fisheries and Oceans Canada.
Fisheries and Oceans Canada (2001). Endeavour Hydrothermal Vents Marine Protected Area Management Plan. [Ottawa]: Fisheries and Oceans Canada.
Fisheries and Oceans Canada (2004). Gully Marine Protected Area management plan. Dartmouth, N.S.: Fisheries and Oceans Canada.
Great Barrier Reef Marine Park Authority (2004). Great Barrier Reef Marine Park zoning plan 2003. Townsville, Qld.: Great Barrier Reef Marine Park Authority.
Great Barrier Reef Marine Park Authority (2005). Report on the Great Barrier Reef Marine Park zoning plan 2003. Australia: Great Barrier Reef Marine Park Authority.
Hoyt, E. (2005). Marine protected areas for whales, dolphins, and porpoises : a world handbook for cetacean habitat conservation. London: Earthscan.
IUCN (1994). Guidelines for protected area management categories. Gland: IUCN.
Jamieson, G. S., & Levings, C. O. (2001). Marine protected areas in Canada - implications for both conservation and fisheries management. [Article]. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 58(1), 138-156.
Kelleher, G., & Areas, I. W. C. o. P. (1999). Guidelines for marine protected areas. Gland, Switzerland: IUCN--the World Conservation Union ;aCambridge, U.K. : Available from IUCN Publications Services Unit.
Kelleher, G., Kenchington, R., International Union for Conservation of, N., & Natural, R. (1992). Guidelines for establishing marine protected areas. Gland: IUCN.
King, M. (1995). Fisheries biology : assessment and management. Oxford [u.a.]: Fishing News Books, Blackwell Science.
National Marine Protected Areas Center (2008). A Functional Classification System for Marine Protected Areas in the United States. Silver Spring, Md.: U.S. Dept. of Commerce, National Oceanic and Atmospheric Administration, National Marine Protected Areas Center.
NOAA (2008). Papahanaumokuakea Marine National Monument Plan. Honolulu, Hawaii: U.S. Fish and Wildlife Service : National Oceanic and Atmospheric Administration : Hawai''i Dept. of Land and Natural Resources.
Margalef, R. (1972). Homage to Evelyn Hutchinson, or why is there an upper limit to diversity. New Haven: Connecticut Academy of Arts and Sciences.
Salomon, A. (2002). Marine Protected Area Site Selection Criteria and Design; Lessons From The Field And a Spatially Explicit Model Managing protected areas in a changing world: proceedings of the Fourth International Conference on Science and Management of Protected Areas, 14-19 May 2000 (pp. 1223-1232). Canada: Science and Management of Protected Areas Association.
Sumaila, U. R., Guenette, S., Alder, J., & Chuenpagdee, R. (2000). Addressing ecosystem effects of fishing using marine protected areas. [Proceedings Paper]. Ices Journal of Marine Science, 57(3), 752-760.
Tunnicliffe, V., & Thomson, R. (1999). Endeavour Hot Vents Area: A Pilot Marine Protected Area in Canada’s Pacific Ocean. [Ottawa]: Fisheries and Oceans Canada.
UNEP-WCMC (2008). National And Networks Of Marine Protected Areas: A Review Progress. Cambridge, United Kingdom: UNEP-WCMC.
Villa, F., Tunesi, L., & Agardy, T. (2002). Zoning marine protected areas through spatial multiple-criteria analysis: the case of the Asinara Island National Marine Reserve of Italy. [Article]. Conservation Biology, 16(2), 515-526.

網頁部份
Google Map （http://maps.google.com.tw/）
MPA news （http://depts.washington.edu/mpanews/issues.html）
中華鯨豚協會 （http://www.whale.org.tw/）
加拿大漁業海洋部Fisheries and Oceans Canada （www.dfo-mpo.gc.ca）
行政院農委會漁業署 （www.fa.gov.tw）
行政院農委會林務局 （www.forest.gov.tw）
交通部觀光局行政資訊系統網站 （http://admin.taiwan.net.tw/）
東北角暨宜蘭海岸國家風景區 （http://www.necoast-nsa.gov.tw/）
東沙環礁國家公園 （http://dongsha.cpami.gov.tw/）
美國海洋及大氣總署National Oceanic and Atmospheric Administration （http://www.noaa.gov/index.html）
美國國家海洋保護區中心Marine Protected Areas Center（http://www.mpa.gov/）
珠江口中華白海豚自然保護區管理局 （http://cwd.gov.cn/main.asp）
海洋國家公園管理處 （http://marine.cpami.gov.tw/）
龜山島生態網 （http://www.necoast-nsa.gov.tw/bio/index.html）
澳洲大堡礁海洋公園管理處Great Barrier Reef Marine Park Authority （http://www.gbrmpa.gov.au/）
頭城區漁會賞鯨資訊網 （http://www.etcfa.org.tw/）
蘭鯨號龜山島賞鯨宜蘭旅遊網 （http://www.hotweb.com.tw/blueship/index.php）