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智慧財產法院成立之目的係為統一處理智慧財產權案件的爭訟，使得同一權利客體於發生爭訟時，不需在不同法院與訴訟中重覆的審理，以解決當事人時間精力的耗費、司法資源的浪費與司法救濟時效延宕的問題。
因此當事人可依據智慧財產案件審理法第16條之規定，當認為民事訴訟中之專利權有應撤銷、廢止之原因，而對專利有效性有所爭執時，可直接於訟訴中直接主張或抗辯，而智慧財產法院應就其主張或抗辯有無理由自為判斷，不適用相關法律停止訴訟程序之規定。此規定之主要用意在使由同一智慧財產權客體所生之紛爭，得於同一訴訟程序中一次解決，使智慧財產權能有效的被保護。
專利有效性之議題，會於專利申請案件及專利舉發案件審理時發生，也會於專利侵權訴訟事件審查時發生。特別是因專利舉發案件與專利侵權訴訟事件在判斷專利有效性時，可能對有效性之認定產生不同的認定結果。又，專利舉發案件與專利侵權訴訟事件於認定後所產生的效力也不相同，其中前者之效力為絕對效力，但後者卻為相對效力，由於二者的效力不同，所以產生對於權力的影響也不一樣。
智慧財產案件審理法第16條與第33條之立法理由，係為加速民事訴訟審查之速度，以達到迅速保護專利權人之權利。但透過法院判決之分析，可見於民事訴訟程序中對於專利有效性的判斷與理由仍有瑕疵之處，也因此可遇見專利權人會處於不利的地位，且無任何救濟管道，針對此問題必須更進一步強化判斷的準確性，以朝向智慧財產權案件可於同一訴訟程序中一次解決紛爭之目的邁進。

摘要......................................1
目錄......................................3
第一章 緒論...............................9
第一節 研究動機與目的.....................9
第二節 研究範圍..........................13
第三節 研究方法..........................14
第二章 專利權............................15
第一節 專利權授予的目的與法律性質........15
第一項　行政契約說.......................15
第二項　行政處分說.......................17
(一)確認處分.............................18
(二)形成處分.............................19
第二節 專利權之權利......................21
第一項 排他權說..........................21
第二項 實施權說..........................23
第三節 專利權之授予要件與範圍............25
第一項 專利授予要件......................25
(一)產業利用性...........................26
(二)新穎性...............................27
(三)新穎性的擬制喪失.....................29
(四)進步性...............................29
第二項 專利權範圍........................31
(一)專利權效力所及之範圍.................31
(二)專利權所保護之技術範圍...............32
(三)專利權之效力限制.....................33
第四節 小結..............................34
第三章 專責機關之專利有效性爭議處理......35
第一節 智慧財產局........................35
第一項 專利法............................36
第二項 專利申請案件之爭議................38
第二節 專利舉發案件......................39
第一項 舉證責任..........................40
第二項 舉發之審定........................41
(一)舉發駁回.............................41
(二)舉發不成立...........................42
(三)舉發成立.............................43
第三節 行政救濟..........................45
第一項 訴願之提起........................45
第二項 行政訴訟..........................46
(一)撤銷訴訟.............................47
(二)確認訴訟.............................47
第四節 專利專責機關之權限與處分效力......48
第一項 專利申請案件......................48
第二項 專利舉發案件......................49
(一)發明專利.............................49
(二)新型專利.............................50
第三項　專利舉發撤銷之效力...............50
第五節 一事不再理之適用..................52
第六節 小結..............................57
第四章 法院之專利有效性爭議處理..........59
第一節 智慧財產法院......................60
第二節 智慧財產法院組織法................61
第三節 智慧財產案件審理法................66
第四節 專利有效性爭議之訴訟..............69
第一項 行政訴訟案件-專利申請與舉發案件...70
第二項 民事訴訟案件......................71
(一)智慧財產法院為第一審管轄法院.........72
(二)普通法院為第一審管轄法院.............72
(三)智慧財產法院或普通法院為第二審管轄法院...73
第五節 智慧財產法院之審判權限與效力......73
第一項 行政訴訟案件-專利審查與舉發案件...74
第二項 民事訴訟案件......................75
第六節 法院與專利專責機關判斷衝突........77
第一項 行政訴訟案件-專利審查與舉發案件...77
第二項 民事訴訟案件......................77
第三項 民事與行政訴訟案件判斷之衝突......78
第七節 一事不再理之適用..................81
第一項 行政訴訟案件......................81
第二項 民事訴訟案件......................82
第五章 法院之專利有效性判決分析..........84
第一節 新穎性............................84
臺北高等行政法院93年度訴字第1065號判決...84
臺北高等行政法院95年度訴字第850號判決....88
臺北高等行政法院95年度訴字第3668號判決...91
臺北高等行政法院95年度訴字第69號判決.....94
智慧財產法院97年度行專訴字第15號判決....101
最高行政法院98年度判字第1419號判決......108
第二節 進步性...........................111
智慧財產法院97年度行專訴字第24號判決....111
智慧財產法院97年度行專訴字第42號判決....116
智慧財產法院98年度行專訴字第12號判決....122
智慧財產法院98年度民專上易字第23號判決..129
智慧財產法院98年度民專上易字第28號判決..132
第三節　其他專利有效性判決..............136
智慧財產法院98年度民專上易字第19號判決..136
最高行政法院94年度判字第772號判決.......138
最高行政法院94年度判字第1250號判決......138
智慧財產法院97年度行專訴字第27號判決....139
第六章 結論.............................144
(一)智慧財產法院的責任與管轄............144
(二)新穎性要件之專利有效性訴訟判斷......145
(三)進步性要件之專利有效性訴訟判斷......150
(四)新證據之審理........................154
(五)判決效力與衍生問題之建議方案........155
參考文獻................................158

中文專書：
吳庚，行政法之理論與實用，三民，2005年8月。
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楊崇森，專利法理論與應用，三民，2003年7月。
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學位論文：
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吳文賓，專利審查制度之研究-從審查權之歸屬觀察，世新大學法律研究所論文，2005年6月。
林榮琳，附隨禁反言在專利訴訟上之適用，世新大學法學院碩士論文，2007年1月。
洪陸麟，以專利案件為中心論智慧財產案件審理法，國立政治大學法律學系碩士論文，2009年6月。
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陳秉訓，最高法院涉專利侵權民事訴訟判決之類型化研究，政治大學法律科技整合研究所碩士論文，2006年6月。
麥智德，智慧財產權訴訟中法院自為判斷專利權有效性之相關問題研究，國立雲林科技大學科技法律研究所碩士論文，2009年6月。
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其他：
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蔡明誠，發明專利法研究，國立台灣大學法學叢書，1998年。