不同的時空背景通常會有不同的政策產出，兩岸在刑事司法政策的合作上，從《金門協議》、半官方色彩之會談、個案協商到《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》之簽訂，不同政策的方向，都是為了解決當時時空背景的困境，發展出與之相對應的政策訴求。《金門協議》為了解決非法偷渡問題所制定的遣返原則，開創了兩岸協商之先河；半官方色彩之海基、海協兩會的成立，因應兩岸民間交流所衍生之衝擊，其附帶的犯罪問題，也因此浮出談判桌的檯面；拜科技及全球化所賜，為了因應與日俱增的跨境犯罪，兩岸共同打擊犯罪聯繫機制的個案協商(P2P原則)因此應運而生：隨著歐盟、泛太平洋等區域經濟整合之興起，破冰的兩岸政府亦著手進行跨境經濟整合，《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》就是配合這股全球的潮流所誕生的。
理性的思考是從對於事件中的因果關係確立而開始，我們為了得到良好的兩岸警務合作成果，就得針對影響警務合作好壞的因素做出分析與比較。研究者從政治、法律、文化及能力四個宏觀的因子開始剖析，並從中抽離出更細膩及多層次的因素，以便了解複雜的合作因果關係。另一方面，我們借重國際關係整合理論中各個學派的論點，如功能主義的功能性合作與互賴擴張、新功能主義的政治力分析與擴溢誘因、制度主義的控制制度演化及制度改革障礙、聯邦主義的超國家機構與輔助性原則，以及政府間主義的制度手段性與協議基本性，利用國際關係學之整合理論在合作議題上所作的歸納與演繹，找出控制兩岸警務合作離心力之方法。
再者，從法國哲學家孔德的實證主義精神得知，從概念的出現到實際應用的過程，必須經過嚴格觀察、分類及驗證的階段。研究者透過兩個階段的實證過程，來確認整合理論對於兩岸警務合作的實用性與有效性；第一，透過整合理論在歐盟之實施狀況與過程，分析出整合理論各個學派對於歐盟的利與弊為何；第二，藉由質性研究之深度訪談法，蒐集實務上從事兩岸警務合作的訪談對象之客觀觀點，並利用上述整合理論的概念切入兩岸警務合作實務上的現狀與困境，得出社會科學下的研究發現與研究建議。
最後，研究者在研究的過程中，發現整合理論之於兩岸警務合作的價值在於其對於現狀與困境的解決有新的詮釋力與演繹力。更深一層地解釋，整合理論的價值主要分為三個部分，第一，動態性的呈現兩岸警務合作在時間軸上轉變的關鍵因素；第二，有效的提出與解釋兩岸警務合作的動力來源；第三，足夠分析矛盾性強烈的兩岸合作議題。故此，依據研究發現所得到的結論，將研究建議分為四個部分─第一，困境面如何解決；第二，合作制度面如何繼續突破；第三，政治面如何淡化；第四，談判面如何有效進行，提供未來兩岸警務合作有一個兼具客觀、理性及邏輯性的思考方向。

第一章 緒論 1
第一節 研究背景 1
壹、 全球化的趨勢與全球治理的重要性 1
貳、 區域主義與區域整合理論的崛起 2
參、 經濟互賴與犯罪互賴 2
肆、 兩岸警務合作的出現與問題 3
第二節 研究動機 3
第三節 研究目的 7
第四節 研究限制 9
第五節 重要名詞解釋 10
壹、 跨境犯罪 10
貳、 整合理論 11
第二章 文獻探討 13
第一節 兩岸警務合作之現況與困境 13
壹、 兩岸跨境行為主體 13
貳、 兩岸跨境犯罪型態 15
參、 兩岸警務合作歷程 20
肆、 《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》簽訂後之成效與困境檢討 28
第二節 海峽兩岸警務合作影響因子 33
壹、 政治因素 33
貳、 法律因素 35
參、 文化因素 36
肆、 能力因素 37
第三節 整合理論 38
壹、 功能主義 39
貳、 新功能主義 42
參、 制度主義 48
肆、 聯邦主義 52
伍、 政府間主義 55
陸、 小結 59
第四節 整合理論對兩岸警務合作之影響與應用 61
壹、 整合理論與警務合作影響因子 61
貳、 整合理論在歐盟的實踐 63
參、 整合理論在海峽兩岸警務合作之實際應用 70
肆、 小結 74
第三章 研究設計與實施 77
第一節 研究方法 77
壹、 文獻探討法 77
貳、 深度訪談法 78
第二節 研究工具與資料分析 80
壹、 研究工具說明 81
貳、 資料處理分析 85
第三節 研究流程 86
第四章 實證資料分析與研究發現 89
第一節 兩岸警務合作之基本分析 89
壹、 兩岸警務合作現狀與演進 89
貳、 兩岸警務合作困境與經驗 98
參、 海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議的制度規範與影響 110
第二節 兩岸警務合作之整合理論分析 118
壹、 功能主義分析 118
貳、 新功能主義分析 126
參、 制度主義分析 145
肆、 聯邦主義分析 154
伍、 政府間主義分析 160
第三節 研究發現 172
壹、 整合理論分析之獨特性 173
貳、 整合理論各學派對兩岸警務合作影響性之評析 177
第五章 結論與建議 187
第一節 結論 187
第二節 研究建議 188
壹、 政治面 188
貳、 法律面 191
參、 文化面 195
肆、 能力面 196
參考文獻 203
壹、中文部分 203
一、專書 203
二、學位論文 204
三、期刊論文 205
四、研討會論文 206
五、其他 208
貳、英文部分 208
參、其他 210

參考文獻
壹、中文部分
一、專書
David W. Stewart、Michael A. Kamins. (2000). 次級資料研究法(董旭英、黃儀娟，譯). 臺北: 弘智.
Jon Pierre & B. Guy Peters. (2002). 治理、政治與國家(謝宗學等，譯). 臺北: 智勝文化.
PfaltzgraffL.&Dougherty, J. E.R. (1995). 國際關係理論導讀(胡祖慶，譯). 台北: 五南.
何招凡. (2013). 全球執法合作機制與實踐. 台北: 元照出版社.
孟維德. (2012). 跨國犯罪. 台北: 五南出版社.
張亞中、左正東. (2011). 國際關係總論. 新北市: 揚智文化.
張亞中. (1998). 歐洲統合：政府間主義與超國家主義的互動. 臺北: 揚智文化.
林志鴻、呂建德. (2001). 全球化與社會福利. 臺北: 巨流.
林碧炤. (1990). 國際政治與外交政策. 臺北: 五南圖書出版.
畢恆達. (1996). 詮釋學與質性研究. 台北: 東大.
袁方編. (2002). 社會研究方法. 臺北市: 五南.
趙秉志、錢毅、郝興旺等. (1996). 跨國跨地區犯罪的懲治與防範. 北京: 中國方正出版社.
二、學位論文
林彥君. (2007). 政府間主義與超國家主義對歐盟高等教育整合政策之影響. 新竹: 國立交通大學.
柳冠宇. (2013). 兩岸警察共同打擊跨境犯罪問題之研究. 桃園: 中央警察大學.
洪勝堃. (2006). 大陸地區人民在台犯罪之特徵與防制對策之研究. 臺北: 臺北大學.
張惠玲. (2012). 歐盟「共同外交暨安全政策」之整合談判過程與台海兩岸協商經驗之比較. 高雄: 國立中山大學.
許瑞山. (2009). 兩岸警方共同打擊跨境犯罪偵查之研究. 臺北: 國立政治大學.
陳慶昌. (2003). 國內政治與歐洲整合研究. 臺北: 國立政治大學.
陳曉宜. (2005). 報社記者抵抗資源之研究. 臺北: 國立政治大學.
傅芝琦. (2013). 兩岸四地執法合作模式發展之研究. 桃園: 中央警察大學.
溫金沐. (2013). 我國駐外警察聯絡官跨境執法合作影響因素之研究. 桃園: 中央警察大學.
劉承嶽. (2002). 國際刑事司法互助理論探討涉及兩岸刑事司法案件之實踐.基隆: 國立臺灣海洋大學.
蔡嵐蕎. (2011). 開放大陸人士來台觀光對旅遊產業國際化影響之研究. 臺北: 銘傳大學.
鄭傑竑. (2011). 建構兩岸警察共同打擊犯罪機制之研究. 桃園: 中央警察大學.
魏書馨. (2011). 愛爾蘭歐盟政策之研究. 臺北: 國立台北大學.
三、期刊論文
朱金池、蔡庭榕、許福生. (2010). 兩岸共同打擊跨境犯罪之回顧與展望. 中央警察大學學報第四十七期, 頁 1-22.
吳鵬翼、薛榮祥. (2012). ECFA與兩岸關係的制度化建構：新自由制度主義的觀點. 龍華科技大學學報第三十二期, 頁 143-159.
林金定、 嚴嘉楓、 陳美花. (2005). 質性研究方法：訪談模式與實施步驟分析. 身心障礙研究季刊, 頁 122-136.
林若雩. (2001). 東協整合發展與兩岸關係. 新世紀智庫論壇第十三期, 頁 52-60.
信強. (2008). 權力政治、制度建構與未來兩岸關係：一種制度主義的分析邏輯. 全球政治評論第二十一期, 頁 45-60.
唐賢興. (2000). 全球治理與第三世界的變革. 國際關係核心期刊.
梁文韜. (2012). 何謂政治學. 科學發展480期, 頁 6-10.
章光明、張淵菘. (2010). 從全球治理觀點論兩岸共同打擊電信詐欺犯罪. 展望與探索, 頁 74-93.
許耀明. (2012). 未內國法化之國際條約與協定在我國法院之地位. 司法新聲第一零四期, 頁 20-27.
曾怡仁、吳政嶸. (2009). 密特蘭尼的功能主義國際關係理論. 臺灣國際研究季刊第五卷第四期, 頁 143-167.
曾怡仁、張惠玲. (2000). 區域整合理論的發展. 問題與研究, 頁 53-71.
黃秀端、林政楠. (2014). 移民權利、移民管制與整合. 臺灣民主季刊, 頁 83-133.
黃錫璋. (2009). 「整合理論之新功能主義」模式建構兩岸共同打擊犯罪之可能性. 海巡雙月刊.
顧志文. (2010). 兩岸關係的分歧與匯合：新功能主義的分析觀點. 國防雜誌第二十五卷第四期.
四、研討會論文
王孟平、張世強. (2006). 自由主義民主政體中的移民規制與整合困境：從晚近歐美的辯論談起. 移民政策新視野學術研討會. 桃園: 中央警察大學國境學系.
余達松、梁德光、羅越榮、曹偉祺. (2013). 雲端年代的開始：論雲端運算為執法部門帶來的挑戰與機遇. 第七屆海峽兩岸暨香港、澳門警學研討會, (頁 122-132). 澳門.
林信雄、洪培倫. (2014). 臺灣警方防制第三、四級毒品之挑戰與策進. 第九屆海峽兩岸暨香港澳門警學研討會, (頁 12-13). 昆明.
林德華. (2010). 防制電信網路跨境詐欺犯罪新策略. 第五屆海峽兩岸暨香港澳門警學研討會, (頁 4-5). 蘇州.
金長平、張承先. (2012). 兩岸四地跨境有組織犯罪刑法規範即適用之比較研究. 第七屆海峽兩岸暨香港、澳門警學研討會交流論文, (頁 232-243). 澳門.
章光明、王智盛. (2014). 《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》之執行評估與策進. 第九屆海峽兩岸暨香港澳門警學研討會論文集, (頁 665-687). 昆明.
廖訓誠. (2010). 兩岸警察共同打擊跨境犯罪之探討. 涉外執法政策與實務學術研討會論文集 (頁 147-164). 桃園: 中央警察大學外事警察學系暨研究所.
廖維元. (2012). 兩岸共同打擊人口販運犯罪分析與策進─以跨境人蛇販運集團為例. 第七屆海峽兩岸暨香港、澳門警學研討會, (頁 244-259). 澳門.
劉介宇. (2012). 台灣地區健康相關次級資料庫. 臺北： 國立台北護理健康大學
劉禮信、廖劍峯. (2012). 臺灣地區犯罪組織跨境洗錢的現況與預防─以賭博所得為例. 第七屆海峽兩岸暨香港、澳門警學研討會, (頁 330-340). 澳門.
鄭樟雄、黃錫璋. (2009). 從衝突管理理論觀點分析兩岸協商歷程：以兩岸共同打擊犯罪為例. 第四屆海峽兩岸暨香港、澳門警察學術研討會, (頁 333-348). 臺北.
蘇中山、薛寶樹. (2014). 兩岸緝毒合作機制之發展與前瞻. 第九屆海峽兩岸暨香港澳門警學研討會, (頁 69-80). 昆明.
五、其他
何春蕤. (2015). 關連性──文獻探討的創造性思考. 擷取自 論文寫作網站
曹爾忠. (2015). 金門協議的歷史定位及對金馬發展的影響. 擷取自 馬祖雲台暸望網.

貳、英文部分
Ernst B. Haas. (1964). Beyond the Nation-State: Functionalism and International Organization. California: Stanford University Press .
Ernst B. Haas. (1961). International Integration: The European and the Universal Process. International Organization , 366-392.
Ernst B. Haas&Philippe C. Schmitter. (1964). Economics and Differential Patterns of political Integration. International Organization , 705-707.
Harrison, R. J. (1974). Europe in Question:Theory of Regional Integration. New York University Press , pp. 44-45.
Joseph S. Nye . (1971). Peace in Part: Integration and Conflict in Regional Organization. Boston: Little Brown.
Lasswell, H. D. (1979). Political Writings: Psychopathology and Politics; Politics Who Gets What, When, How : Democratic Character. California: Greenwood Pub Group.
Leon N. Linberg&Stuart A. Scheingold. (1970). Europe's World─Be Polity: Patterns of Change in the European Community. N. J.: Prentice-Hall.
P. Wilding & V. George. (2002). Globalization and Human Welfare. New York: palgrave.
Padcal P. ,Le Symptome Le Pen. (1997). Radiographie des Electeurs du Front National. Paris: Fayard.
Pascal F. ,Jean M. (1988). l'inspirateur. Paris: Jacques Grancher.
Pentland, C. (1975). Functionalism and Theories of Internaitonal political Integration. Functionalism:Theory and Practice in International Relations (p. 12). N. Y.: Crane, Russak&Company, Inc.
Pierson, P. (1996). The Path to European Integration: A Historical Institutionalist Analysis. Comparative Political Studies , p. 126.

參、其他
中央社網站：http://www.cna.com.tw/
中時電子報網站：http://www.chinatimes.com/
內政部出入國及移民署網站：http://www.immigration.gov.tw/welcome.htm
內政部警政署刑事警察局網站：http://www.cib.gov.tw/Default.html
全國法規資料庫：http://law.moj.gov.tw/
自由時報網站：http://www.ltn.com.tw/
行政院大陸委員會網站：http://www.mac.gov.tw/
法務部網站：http://www.moj.gov.tw/mp001.html
淡江大學歐盟研究中心：http://www2.tku.edu.tw/~eurc/ch_index2.htm
維基百科網站：http://zh.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:%E9%A6%96%E9%A1%B5