臺灣博碩士論文加值系統

目錄....................................................... I
表目錄.....................................................IV
圖目錄 .....................................................V
附錄之表目錄................................................IX
附錄之圖目錄................................................XI
摘要 .......................................................1
Abstract ...................................................2
第一章.前言..................................................3
1.1 分子拓印聚合物...........................................3
1.1.1 MIP分子辨別原理 .......................................3
1.1.2 共價作用力MIP .........................................4
1.1.3 非共價作用力MIP .......................................5
1.1.4 導電聚合物.............................................5
1.2 密度泛函理論.............................................8
1.2.1 薛丁格方程式...........................................8
1.2.2 波恩-歐本海默近似法....................................9
1.2.3 哈特里－福克方程式.....................................9
1.2.4 B3LYP方法.............................................11
1.2.5 基底組合..............................................12
1.3 梯度嵌入式基因演算法.....................................13
1.3.1 Kanters的GEGA運算過程.................................16
第二章. 實驗動機............................................20
第三章. 理論計算方法........................................22
第四章. 結果與討論..........................................23
4.1 真空環境下具有EDOT之胺基酸多分子團簇.....................23
4.2 二氯甲烷下具有EDOT之胺基酸多分子團簇.....................31
4.3 真空環境下具有EDOT-OH之胺基酸多分子團簇..................33
4.4 二氯甲烷下具有EDOT-OH之胺基酸多分子團簇..................42
4.5 胺基酸作用力表..........................................44
4.5.1 分散力修正項..........................................44
4.5.2 鬆弛能................................................45
4.5.3 平均作用力............................................46
4.5.4 雙體展開式............................................48
4.5.5 鍵結能之比較..........................................50
第五章. 結論................................................53
第六章. 參考文獻............................................54
附錄 .......................................................59
附錄1. 胺基酸多分子團簇與結構優化的分子單體能量................59
附錄2. 胺基酸團簇中分子單體能量與鬆弛能.......................63
附錄3. 分散力修正項的鍵結能圖.................................77
附錄4. 在鬆弛能影響下的胺基酸雙分子團簇之鍵結能圖..............79
附錄5. 胺基酸分子團簇之平均鍵結能圖...........................81
附錄6. 胺基酸分子團簇的雙體展開鍵結能圖........................89
附錄7. 平均作用力與雙體展開的鍵結能比較圖......................92
附錄8. 胺基酸與EDOT或EDOT-OH的作用力表........................97
附錄9. 真空環境下具有EDOT的胺基酸多分子團簇之結構..............100
附錄10. 二氯甲烷下具有EDOT的胺基酸多分子團簇之結構.............160
附錄11. 真空環境下具有EDOT-OH的胺基酸多分子團簇之結構..........220
附錄12. 二氯甲烷下具有EDOT-OH的胺基酸多分子團簇之結構..........280

1. Cormack, P. A. G.; Elorza, A. Z. J. Chromatogr. B. 2004, 804, 173-182.
2. Wei, X.; Samadi, A.; Husson S. M. Sep. Sci. Technol. 2005, 40, 109-129.
3. Pavel, D.; Lagowski, J. Polymer. 2005, 46, 7528-7542.
4. Mbukwa, E. A.; Msagati, T. A, M.; Mamba, B. B. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 4253-4267.
5. Ramström, O.; Nicholls, L. A.; Mosbach, K. Tetrahedron. Asymmetry. 1994, 5, 649-656.
6. Liu, R.; Li, X.; Li, Y.; Jin, P.; Qin, W.; Qi, J. Biosens. Bioelectron. 2009, 25, 629-634.
7. Wu, L.; Gao, Y.; Wang, J. Anal. Lett. 2007, 40, 3129-3147.
8. Chen, L.; Xu, S.; Li, J. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 2922-2942.
9. Wulff, G. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1995, 34, 1812-1832.
10. Tan, L.; Chen, K.; Huang, C.; Peng, R.; Luo, X.; Yang, R.; Cheng, Y.; Tang, Y. Microchim. Acta. 2015, 182, 2615-2622.
11. Madikizela, L. M.; Mdluli, P. S.; Chimuka, L. React. Funct. Polymer. 2016, 103, 33-43.
12. Huang, D.; Tang, Z.; Peng, Z.; Lai, C.; Zeng, G.; Zhang, C.; Xu, P.; Cheng, M.; Wan, J.; Wang, R. J. Taiwan. Inst. Chem. Eng. 2017, 77, 113-121.
13. Mosbach, K.; Haupt, K. J. Mol. Recogn. 1998, 11, 62–68.
14. Guo, L.; Hu, X.; Guan, P.; Du, C.; Wang, D.; Song, D.; Gao, X.; Song, R. Appl. Surf. Sci. 2015, 357, 1490-1498.
15. Malitesta, C.; Mazzotta, E.; Picca, R. A.; Poma, A.; Chianella, I.; Piletsky, S. A. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 1827-1846.
16. Sharma, P. S.; Le, A. P.; D’Souza, F.; Kutner, W. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 3177-3204.
17. Frasco, M. F.; Truta, L. A. A. N. A.; Sales, M. G. F.; Moreira, F. T. C. Sensors. 2017, 17, 523-551.
18. Crapnell, R. D.; Hudson, A.; Foster, C. W.; Eersels, K.; Grinsven, B. V.; Cleij, T. J.; Banks, C. E.; Peeters, M. Sensors. 2019, 19, 1204-1231.
19. Luo, S. C.; Ali, E. M.; Tansil, N. C.; Yu, H. H.; Gao, S.; Kantchev, E. A. B.; Ying, J. Y. Langmuir. 2008, 24, 8071-8077.
20. Chen, Y.; Chen, L.; Bi, R.; Xu, L.; Liu, Y. Anal. Chim. Acta. 2012, 754, 83-90.
21. Tan, L.; Yu, Z.; Zhou, X.; Xing, D.; Luo, X.; Peng, R. J. Chromatogr. A. 2015, 1411, 69-76.
22. Cowen, T.; Karim, K.; Piletsky, S. Anal. Chim. Acta. 2016, 936, 62-74.
23. Dong, W.; Yan, M.; Zhang, M.; Liu, Z.; Li, Y. Anal. Chim. Acta. 2005, 29, 186-192.
24. Pardeshi, S.; Patriker, R.; Dhodapker, R.; Kumar, A. J. Mol. Model. 2012, 18, 4797-4810.
25. Yu, R.; Zhou, H.; Li, M, Song, Q. J. Electroanal. Chem. 2019, 832, 129-136.
26. Huynh, T. P.; Wojnarowicz, A.; Sosnowska, M.; Srebnik, S.; Benincori, T.; Sannicolò, F.; D'Souza, F.; Kutner, W. Biosens. Bioelectron. 2015, 70, 153-160.
27. Echenique, P.; Alonso, J. L. Mol. Phys. 2007, 105, 3057-3098.
28. Woolley, R. G.; Sutcliffe, E. T. Chem. Phys. Lett. 1977, 45, 393-398.
29. Tew, D. P.; Klopper, W.; Helgaker, T. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1307-1320.
30. Becke, A. D. J. Chem. Phys.1993, 98, 1372-1377.
31. Raghavachari, K.; Anderson, J. B. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12960-12973.
32. Becke, A. D. J. Chem. Phys.1993, 98, 5648-5652.
33. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623–11627.
34. Pople, J. A. Rev. Mod. Phys. 1999, 71, 1267-1274.
35. Boys, S. F. Proc. R. Soc. Lond. A. 1950, 200, 542-554.
36. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys.1971, 54, 724-728.
37. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys.1972, 56, 2257-2261.
38. Deaven, D. M.; Ho, K. M. Phys. Rev. Lett. 1995, 75, 288-291.
39. Alexandrova, A. N.; Boldyrev, A. I. J. Chem. Theory. Comput. 2005, 1, 566–580.
40. Alexandrova, A. N. J. Phys. Chem. A. 2010, 114, 12591–12599.
41. Kanters, R. P. F.; Donald, K. J. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10,5729–5737.
42. Kowalska, A.; Stobiecka, A.; Wysocki, S. Comput. Theor. Chem. 2009, 901, 88-95.
43. Li, Y.; Li, X.; Li, Y.; Dong, C.; Jin, P.; Qi, J. Biomaterials. 2009, 30, 3205-3211.
44. Berka, K.; Laskowski, R.; Riley, K. E.; Hobza, P.; Vondrášek, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 982-992.
45. Hostaš, J.; Jakubec, D.; Laskowski, R. A.; Gnanasekaran, R.; Řezáč, J.;Vondrášek, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 4086-4092.
46. Gaussian 09, Revision A.1, Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.;Vreven, T.; Montgomery, Jr., J. A.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, N. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.
47. MOPAC2016, Stewart, J. J. P., Stewart Computational Chemistry, Colorado Springs, CO, USA, HTTP://OpenMOPAC.net (2016).
48. Macrae, C. F.; Edgington, P. R.; Pidcock, P. M. E.; Shields, G. P.; Towler, R. T. M.; Streek, J. V. D. J. Appl. Cryst. 2006, 39, 453-457.
49. Mourik, T. V.; Duijneveldt, F. B. V. Comput. Theor. Chem. 1995, 341, 63-73.
50. Gu, Y.; Kar, T.; Scheiner, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9411-9422.
51. Betancourt, M. R.; Omovie, S. J. J. Chem. Phys. 2009, 130, 195103.
52. Miyazawa, S.; Jernigan, R. L. J. Mol. Biol. 1996, 256, 623-644.
53. Chaudhari, A.; Sahu, P. K.; Lee, S. L. Int. J. Quantum Chem. 2005, 101, 67-72.