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臺灣水鹿(Cervus unicolor swinhoei)為臺灣之特有亞種生物;毛.blskq. 部分DNA萃取後,藉由PCR,直接定序(direct sequencing)方法,所得mtDNA序 列經排列比對得到806bps.在序列差異方面,臺灣水鹿與大陸水鹿在12S rRNA 376bps部分完全相同,且與臺灣梅花鹿在16S rRNA 430bps部分也僅有 一個轉換(TV)二個轉變(TS)的差異存在.在16S rRNA中不同的鹿屬間,TS/TV 的值並無隨著序列差異的增加而降低,且和在相同的鹿屬內:水鹿與梅花鹿 TS/TV的值偏低的情形,不符一般TS的值在分化初期會隨時間增加而累積的 原則;而可能原因是,所選則的16S rRNA序列中有所謂的取樣偏差出現,造成 在分析時TS/TV的值降低,且影響到weighted parsimony用方法所做的種群 分析.所得的mtDNA序列中,經parsimony分析所得parsimony系統樹中,其一 致性雖不高,但與Miyamoto et al.(1990)的研究結果支持Groves & Grubb (1987)利用側掌骨近端保留(plesiometacarpal condition of laternal metacarpal)這項外在特徵,將羌屬和花鹿屬歸為鹿亞科的同一分歧樹 (clade)中.由演化距離中分析,鹿亞科在演化上出現的順序應為:山羌--> 梅花鹿-->水鹿;而由分子時鐘推測花鹿屬內的分化時間:水鹿與梅花鹿為 2-2.82百萬年前,而臺灣水鹿與另一亞種水鹿為0.66-0.93百萬年前;由臺 灣水鹿與大陸水鹿mtDNA 12S rRNA部分完全相同看來,它們可能於最近的冰 河期才開始分離.
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