一、專書與專書論文
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《明神宗實錄》，轉引自：台灣銀行經濟研究室編，《明實錄閩海關係史料》（台灣文獻叢刊第296種，台北：台灣銀行經濟研究室，1971），頁77。
《南港派出所須知簿》（舊南港警察官吏派出所，手稿未出版），轉引自：林永村、林志浩，《笨港：一個古老港口的歷史與文化》（北港：笨港文化事業有限公司，1995），頁22。
《清實錄（第五五冊）德宗實錄（四）》（北京：中華書局，1987）。
《新巷公學校沿革誌》1898-1954，（新巷公學校，手稿未出版）。
《新港奉天宮簡介》，轉引自：蔡相煇等編修，《笨港史的真相-笨港毀滅論天妃廟正統三十年公案之廓清》（雲林：笨港媽祖文教基金會，1990）。
山根勇藏，《台灣民族性百談》（台北：杉田書店，1930）。
不著撰人，《台灣私法人事編》（台灣文獻叢刊第117種，台北：台灣銀行經濟研究室，1961）。
不著撰人，《沙園龍紀寺朝天閣》（未刊印手稿，1877）。本手稿由北港朝天宮收藏。
不著撰人，《社寺廟宇二關スル取調書：嘉義廳》（出版項不詳，1915）。
不著撰人，《清高宗實錄選輯》（台灣文獻叢刊第186種，台北：台灣銀行經濟研究室，1964）。
不著撰人，《嘉義管內採訪冊》（台灣文獻叢刊第52種，台北：台灣銀行經濟研究室，1959）。
王必昌，《重修台灣縣志》（台北：台灣銀行經濟研究室，台灣文獻叢刊第113種，1961）。
王漁洋，《香祖筆記》（台北市：廣文書局，1968）。
王禮、陳文達等，《台灣縣志》（台灣文獻叢刊第128種，台北：台灣銀行經濟研究室，1961）。
仙游縣地方志編纂委員會編，《仙游縣志》（北京：方志出版社，1995）。
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台灣銀行經濟研究室編，《明實錄閩海關係史料》（台灣文獻叢刊第296種，台北：台灣銀行經濟研究室，1971）。
弗朗西斯科．皮門特爾，《葡萄牙國王遣中華及韃靼皇帝特使瑪訥撤爾達聶使京廷簡記》。轉引自：金國平，《中葡關係史地考證》（澳門：澳門基金會，2000）。
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朱景英，《海東札記》（台灣文獻叢刊第19種，台北：台灣銀行經濟研究室，1958）。
江樹生譯註，《熱蘭遮城日誌》（一）（台南：台南市政府，2002）。
何培夫，《台灣地區現存碑碣圖誌 台南市篇（下）》（台北市：國立中央圖書館台灣分館，1992）。
何培夫，《台灣地區現存碑碣圖誌 彰化縣篇》（台北市：國立中央圖書館台灣分館，1998）
何培夫，《台灣地區現存碑碣圖誌 第八冊， 雲林縣．南投縣篇》（台北市：國立中央圖書館台灣分館，1996）。
余文儀，《續修台灣府志》（台灣文獻叢刊第121種，台北：台灣銀行經濟研究室，1962）
佚名，《安平縣雜記》（台灣文獻叢刊第52種，台北：台灣銀行經濟研究室，1958）
吳子光，《台灣紀事》（台灣文獻叢刊第36種，台北：台灣銀行經濟研究室，1959）。
吳德功，《戴施兩案紀略》（台灣文獻叢刊第47種，台北：台灣銀行經濟研究室，1959 年）。
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村上直次郎（日譯），郭輝（中譯），《巴達維亞城日記 第一冊》（台中：台灣省文獻委員會，1970）。
村上直次郎（日譯），郭輝（中譯），《巴達維亞城日記 第二冊》（台中：台灣省文獻委員會，1970）。
杜臻，《澎湖台灣紀略》（台灣文獻叢刊第104種，台北：台灣銀行經濟研究室，1961）。
沈有容輯，《閩海贈言》（台灣文獻叢刊第56種，台北：台灣銀行經濟研究室，1959）。
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周凱，《內自訟齋文選》（台灣文獻叢刊第82種，台北：台灣銀行經濟研究室，1960）。
周鍾瑄，《諸羅縣志》（台灣文獻叢刊第141種，台北：台灣銀行經濟研究室，1962）。
林文龍、李西勳、吳政恆編撰，《北港朝天宮：文物專輯.壹》（雲林：財團法人北港朝天宮，2010）。
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葉宗元，《台灣府總圖纂要》（台灣文獻匯刊 第五輯 第七冊，廈門：廈門大學，2004）。
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蔡相煇，《北港朝天宮志》（雲林：北港朝天宮董事會，1995增訂初版）。
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蔡相煇等編修，《笨港史的真相-笨港毀滅論天妃廟正統三十年公案之廓清》（雲林：笨港媽祖文教基金會，1990）。
蔣良騏纂輯，王先謙增補，《東華錄選輯》（台灣文獻叢刊第262種，台北：台灣銀行經濟研究室，1969）。
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鮑曉鷗著，那瓜譯，《西班牙人的台灣體驗（1626-1642）》（台北：南天書局，2008）。
臨時台灣舊慣調查會，《台灣私法附錄參考書》（台北：臨時台灣舊慣調查會，1910）。
臨時台灣舊慣調查會，《台灣私法附錄參考書 卷二 上》，（東京市：鮮美堂印刷所，1910）。
顏尚文等纂修，《嘉義縣志．卷九．宗教志》（嘉義縣：嘉義縣政府，2009）。
魏源，〈卷八 康熙戡定台灣記〉，《聖武記》，（道光20年成書，出版項不詳， 1840）。
顧祖禹，《讀史方輿紀要》（中國古代地理總志叢刊本第九冊，北京：中華書局，2005）。
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二、期刊論文
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〈新港鄉文献會座談紀錄〉，《嘉義文獻專刊》創刊號（1955.06），頁25。
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山本曾太郎，〈朝天宮媽祖雜感〉，《台法月報》12輯8號（1918.08），頁26-32。
毛一波，〈鄭芝龍史料中的李旦與顏思齊〉，《台灣文獻》14卷1期，（1963.03），頁72-80。
王見川，〈光復前的北港朝天宮-兼論其與其他媽祖廟的關係〉，《民間宗教》3輯（1997.12），頁251-271。
王沿津，〈訪問研究媽祖權威學者李獻璋博士簡記〉，《聖女春秋》29期（1975.05），第2版。
吳幅員，〈台灣寃錄--林文明案文獻叢輯〉，《台北文獻直字 55、56期合刊》（1981.06），頁55-121。
李建緯，〈女神的容顏：新港奉天宮媽祖神像造形研究〉，《台灣文獻》66卷1期（2015.03），頁37-106。
李振安，〈笨港水流樟木媽祖傳說與北港朝天宮創建年代之探討〉，《中正台灣文學與文化研究集刊》12輯（2013.06），頁85-121。
李獻璋，〈笨港聚落的成立，及其媽祖祠祀的發展與信仰實態（上）、（中）、（下）〉，《大陸雜誌》35卷7、8、9期、（1967.10-11），頁7-11、頁22-26、頁22-29。李獻璋著，袁以霓譯，〈有關媽祖神的研究資料（一）〉，《聖女春秋》15期（1974.03），第4版。
杜臻，《澎湖台灣紀略》（台灣文獻叢刊第104種，台北：台灣銀行經濟研究室，1961）。
沈有容輯，《閩海贈言》（台灣文獻叢刊第56種，台北：台灣銀行經濟研究室，1959）。
岩生成一著，許賢瑤譯，〈明末僑寓日本支那人甲必丹李旦考〉，《台北文獻 直字》128期（1999.06），頁179-230。
林美容，〈彰化媽祖的信仰圈〉，《中央研究院民族學研究所集刊》68期（1989.06），頁97-98。洪敏麟，〈從潟湖、曲流地形之發展看笨港之地理變遷〉，《台灣文獻》23卷2期（1972.06），頁1-42。
虹羲，〈笨港史論戰再起---基金會鐵證如山〉，《笨港雜誌》23.24期（1993.07），頁20-28。
徐泓，〈清代台灣天然災害史料補證〉，《台灣風物》34卷2期（1984.06），頁1-28。
徐曉望，〈晚明台灣北港的事變與福建官府〉，《台灣源流》33期（2005.12），頁130-145。
曹瑞泰，〈近代漢語言文字改革與兩岸字音之比較〉，《通識研究集刊》 12期（2007.12），頁93～110。陳正祥，〈三百年來台灣地理之變遷〉，《台灣文獻》12期1卷（1961.03），頁67-92。
陳宗仁，〈「北港」與「Pacan」地名考釋：兼論十六、七世紀之際台灣西南海域貿易情勢的變遷〉，《漢學研究》21卷2期（2003.12），頁249-278。黃典權，〈顏思齊考索的試論〉，《台灣風物》23卷3期（1973.09），頁5-6。
黃阿有，〈顏思齊 鄭芝龍入墾台灣研究〉，《台灣文獻》54期4卷（2003.12），頁93-122。
黃富三，〈林文明正法案真相試析：兼論清代台灣的司法運作〉，《台灣風物》39卷4期（1989.12），頁16
蔡相煇，〈北港朝天宮與台南大天后宮的分合〉，《台灣文獻》51卷4期（2000.12），頁143?156。
蔡相煇，〈南瑤宮笨港進香考釋〉，《空大人文學報》17期（2008.12），頁69-112。鄭喜夫，〈清代在臺僧人錄〉，《台灣文獻》41期2卷（1990.06），頁111-154。
盧嘉興，〈台南縣古地名考〉，《南瀛文獻》6卷（新營：台南縣文獻委員會，1959.12），頁1-20。盧嘉興，〈明鄭有無奉祀媽祖考〉，《台灣文獻》34卷4期（1983.12），頁45-57。
鎮目滋平，〈媽祖を語る〉，《台灣時報》（1936.02），頁107-116。
三、學位論文
李振安，〈彰化南瑤宮媽祖進香活動之變遷研究〉（碩士論文，中正大學台灣文學研究所，2014）。林依德，〈笨港地區庄頭的發展與變遷（1895年以前）〉（碩士論文，嘉義大學史地學系碩士班，2011）。林群桓，〈地方史使用與社區共同體建構：以新港的再現為例〉（碩士論文，南華大學亞太研究所，2003）。師嘉瑀，〈圖繪復原下的嘉義市街生活歷史變遷〉（碩士論文，臺南大學台灣文化研究所碩士班，2007）。簡茂宏，〈荷鄭時期及清初魍港與笨港的研究〉（碩士論文，成功大學歷史語言研究所碩士班，1994）。四、報紙
〈「笨港史的真象」 激怒新港人媽祖歷史大「翻案」 正統之爭打筆戰〉，《中國時報》，1990.06.09， 88全省綜合新聞版。
〈一把天火燒醒媽祖正統紛爭 天上聖母千秋 人間烽火幾時休〉，《中國時報》，1995.02.07，23深度報導版。
〈北港高中文物館 如小故宮 有笨港出土文物 歷代錢幣 甚至有清咸豐年間的大銀元 收藏豐富〉，《聯合報》，2003.09.09，B2雲林新聞版。
〈北港朝天宮300年傳說 迎媽祖來台的和尚找到了〉，《聯合報》，2013.11.22，A26采風版。
〈北港發掘的兩顆石砣一座石碑〉，《中華日報》，1956.02.06，第5版。
〈北港發現石物，埋藏三百多年〉，《台東新報》，1956.02.08，第2版。
〈北港溪河床 傾圮大片磚牆 專家依建築工法研判 應是日據所建堤防 有探勘研究價值〉，《聯合報》，2003.01.09，1518 嘉義縣市新聞。
〈古笨港考古 70餘新血投入〉，《中央日報》，1996.02.09，7文教版。
〈古笨港遺址 依百年地籍圖鑑界 位於雲嘉兩縣交界 起爭議 地籍測定 初步認定大多在雲林縣境〉，《聯合報》，2003.02.20，1418 雲林縣新聞版。
〈古笨港遺址破壞多 恐成廢墟 台糖復興鐵橋戶外博物館採開放空間頻遭破壞 文史工作者疑未驗收 縣府指已驗收 現由新港公所接管〉，《聯合報》，2008.05.06，C02嘉義縣市新聞版。
〈台南市鹿耳門港 媽祖正統之爭 土城將辦迎神賽會 邀文獻會公平評斷〉，《中央日報》，1961.04.15，3版。
〈沒有可資相信史料 不能指笨港即是現新港〉，《徵信新聞報》，1963.12.21，6版。
〈爭正統60年 明天過後… 奉天宮、朝天宮大和解〉，《聯合報》，2009.01.30，A1要聞。
〈爭迎鎮南媽祖〉，《台灣日日新報》，1918.01.18，6版。
〈笨港舊址嘉文獻會函省考證〉，《徵信新聞報》，1963.12.20，6版。
〈笨港舊跡在何處？〉，《徵信新聞報》，1963.12.22，6版。
〈開台時笨港 考證即北港 省文獻會稱無錯誤〉，《徵信新聞報》，1964.03.26，6版。
〈黃水水 搶救北港文化史 出錢出力 蒐藏古文物 開館供免費參觀〉，《聯合報》，2004.09.21，B4雲嘉南綜合新聞版。
〈媽祖廟爭正統 大鬥法〉，《中國時報》，2005.10.02 ，a12版。
〈諸羅特訊．六興宮增建〉，《台灣日日新報》，1923.08.11，6版。
〈諸羅特訊．神龍見首〉，《台灣日日新報》，1921.08.10，第6版。
〈諸羅特訊．新港雜爼〉，《台灣日日新報》，1918.09.21，6版。
〈學者專家實勘笨港遺址〉，《聯合報》，2003.08.12，B02版。
四、地圖
〈台灣民番界址圖〉乾隆25年，（台北：南天書局，2003複製版）。
〈台灣圖附澎湖群島圖〉（複製本，原件藏於國立故宮博物院）。
〈乾隆台灣輿圖〉（複製本，原件藏於國立故宮博物院）。
五、網路資料
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〈About 新港史蹟導覽解說團〉，新港史蹟導覽解說團，http://heyevent.com/venue/36g6wq3slujyma，2015.11.22參閱。
〈Map of Chincheo and the Pescadores〉（中國和澎湖列島圖），http://www.atlasofmutualheritage.nl/en/Map-Chincheo-Pescadores.6612。2016.01.04參閱。
〈一般大眾．數位典藏．人類學 ．台灣史前文化．漢人文化（板頭村遺址）．歷史沿革〉，自然與人文數位博物館 ，http://digimuse.nmns.edu.tw/Default.aspx?Domin=a&tabid=93&Field=a0&ContentType=Study&FieldName=&ObjectId=&Subject=&Language=CHI%20?IFRAME=TRUE，2016.06.25參閱。
〈大師生平〉，粧佛藝術國寶大師施至輝，http://163.23.101.33/lm2014203/h1.htm，2016.06.21參閱。
〈北港朝天宮〉，維基百科，https://zh.wikipedia.org/zh-tw/%E5%8C%97%E6%B8%AF%E6%9C%9D%E5%A4%A9%E5%AE%AE，2015.11.23參閱。
〈台灣地里圖〉，美國國會圖書館，http://www.loc.gov/resource/g7911a.ct001391d/，2016.01.25參閱。
〈本宮沿革〉，溪北六興宮，http://www.liousinggong.org.tw/about.asp，2016.03.18參閱。
〈各殿神尊-正殿媽祖-於西元1661年由鄭成功奉迎來臺〉，安平開台天后宮，http://www.anping-matsu.org.tw/index.asp?Page=item&ID=77&AID=15，2016.03.22參閱。
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〈明末疆里及漳泉航海通交圖〉，英國牛津大學鮑德里氏圖書館，http://seldenmap.bodleian.ox.ac.uk/map，2016.01.09參閱。
〈服務項目〉，新港文教基金會，http://www.hkfce.org.tw/chinese/01about/04_about01.php，2016.05.30參閱。
〈社區資源- 風景名勝，文化---財團法人笨港媽祖文教基金會〉，雲林縣北港衛生所，http://202.133.247.254/yunlincounty16/pub/LIT_11.asp?catid=1941&ctxid=1954&pcatid=&single=Y，2016.05.30參閱。
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